平静的海面上，一艘巨大无比的星舰，慢慢的浮出海面，掀起惊涛骇浪。
尼比鲁星的土着们，纷纷瞠目结舌。
随后，这艘星舰飞到了火山口上方，即将开始爆发的火山突然停了下来。
进取号逐渐消失在尼比鲁星土着的视线里，成为了他们新的图腾。
就这样，一个连轮子都还没有发明的种族，直接见识到了进取号这艘星际联邦最强的科考船。
回到星际联邦进行任务报告的时候，鬼头鬼脑的主角肯定是会把这段经历隐藏起来。
但他万万没有想到的是，那个被他亲手救回来的人——史波克，居然出卖了他，将进取号在尼比鲁星的遭遇一五一十的写了进去。
史波克的老实本分，让主角失去了进取号，也让主角失去了史波克。
在分别的时候，主角想与史波克进行一次友好的告别祝福来着。
但是只会辩论的瓦肯人，显然GET不到主角的情绪，气氛一度变得尴尬。
最让主角感到郁闷的是，史波克居然当着他的面，叫别人舰长了……
这无异于他老婆当着他的面，叫别人老公啊！
就这样，两人不欢而散。
与此同时，一名官员为了救下自己的女儿，与可汗做交易，炸毁了一座档案馆。
按照星际联邦的规定，发生恐怖袭击时，所有在地球上的舰长与大副将要集中在一起开会商讨决策。
在开会的时候，主角很快就想到了，为什么敌人袭击的是一座没有任何用处的档案馆。
如果他要对星际联邦动手的话，那么炸毁档案馆应该只是第一步而已，肯定还有后续的计划。
就在其他人不理解的时候，他的大副史波克。
哦不，现在是别人的大副了……
别人的大副史波克，立马明白了主角的担忧，并给出了符合逻辑 的推断。
果不其然，就在众人议论纷纷的时候，一艘没有星际旅行能力的巡逻艇，出现在了议会的外面，疯狂倾泻着火力，一举干掉了多名星际联盟的高层领导。
虽然主角使用消防栓单杀了巡逻艇，但是他亦师亦父的领路人，在战斗中不幸牺牲。
临终前，史波克用自己瓦肯人的能力，感受到了来自死亡的恐惧。
上头的主角，在联邦中将的命令下，让进取号携带了一批来路不明的鱼雷，准备前往克林贡人所管辖的星球，远程发射鱼雷消灭可汗。
为了复仇，主角甚至还一气之下，解雇了星际最强轮机师。
不过呢，在下达命令的时候，轮机师的无奈离去，还是让主角冷静了下来，他的命令不是摧毁，而是准备抓捕可汗，让其受到法律的审判。
不出意外的话，意外又要发生了。
在航行过程中，进取号的曲速核心突发故障，新任轮机师，熊国的天才少年契诃夫手动退出了曲速航行。
为了解决问题，进取号要在克林贡人的星域，漂浮20分钟。
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