禹祭祀完毕，散发了祭祀物品。一夜辗转不能入睡。到三更时分，梦见一位神人身披绛绣，手握一册，自称玄夷使者，对禹说：“上帝嘉奖你一心为百姓，所以让我到这里，授予你治水的经书。江、河、淮、汉、伊、洛、瀍、濉、汝、济、泗、渎、泾、渭，凡是所属地方的水，都依照这本书来治理。黄帝有《水经》，藏在宛委山（绍兴）。北方的治理完成后，然后治理南方。你可以登上宛委山，取得这本书。”说完就离开了。禹醒来，感觉有书册在手中，取火观看，都是红色的篆字。
第二天早上升帐，吩咐左右，各自准备锄锹使用。下令说：“从帝都开始开通九州（青、徐、荆、扬、兖、豫、冀、雍、梁），用绳子牵引标准，作为规矩，不致使其错乱。其次疏通九州的水道（弱、汉、江、河、淮、泗、济、洛、汭），测量九山（会稽、衡、嵩、岳、岱、沂、华、霍、恒）。陆路乘车，水路乘船，泥路乘橇，山路乘檋（把铁锥放置在鞋底下，上山不会跌倒）。”禹治理江北的诸多水流，都不是十分费力，只有淮水治理起来非常困难。
一天，前往淮水岸边查看地势，看到一个水怪形状像大树，长十多丈，身体像黑漆，它的声音戛戛作响，浮在岸边，用身体触碰岸边，岸边都因此崩塌。禹召集本地的父老询问，老人说：“这叫支期巫，当天阴的时候就沉浮出没，掀起怪浪高数丈，毁坏百姓的房屋。”禹于是命令士兵数千，都拿着强弓硬弩，等它出现，登上高处射击它。第二天这个怪物果然浮出水面，士兵都登上山射击它，箭密集如雨，支期巫死在水中。禹看到水怪已经除去，下令三军动工挖掘壕沟。只见水流汹涌澎湃，越过岸边数丈。三军纷纷逃散。看到一只兽行走在水面，往来如飞，没有耳目，八首八足。禹询问各位父老，都不知道叫什么名字。也命令士兵射击它，没有一箭射中。禹叹息说：“天啊这是让我不能成功，大概是让这些百姓长久地和鱼鳖为伴了！”闷闷不乐不已。
这天夜里又梦见玄夷使者对他说：“这是天吴，不吃东西不会死，千年才死。我为你召唤庚辛之神来治理它。但需要用铁门四扇辅助，各长八尺，宽四尺，厚一尺。铁柱十六根，长一丈，各重八百斤。铸造好沉入水底，让一千士兵齐声呼喊，‘雕其骨，刻其脂，戕锣戕锣，委渚为夷。’仍然鸣金击鼓，来助长庚辛之神的威风，等到波浪平静就停止。”说完就离开了。禹记住他的话，命令军人按照方法铸造铁门铁柱，沉入水中，敲锣打鼓呐喊的声音，传到一百多里之外。只见阴云四处密布，怪风波浪拍打不停。不一会儿云开浪息，禹下令停止锣鼓，分拨疏通，十天就完成了。
禹非常高兴，到岷山，疏通开凿江流。到白帝城，看到那里悬崖峭壁，水门狭窄。命令军人用火焚烧，打不开。工人说：“不能做。”禹说：“岷山周围千里，只有这一条通道，如果不安置水流，它的危害比淮河的水还要大。如今暂时辛劳，就能永远安逸。你们不要阻拦。”这天夜里梦见神赐给他九头牛和黄龙来引导水流。第二天开工，岸崩塌如同雷声，上面起自西陵峡，中间是巫峡，下面到归峡为止，三峡共七百多里，顷刻之间就疏通了。至今西陵峡的峭壁，还有影子没有消失。所以人们都称他为神禹。一带的江流底部平整。禹于是向南登上宛委山，取来黄帝的《水经》观看。然后向南疏通云梦、洞庭、潇湘、沅沣、长酉、资、溆、渐九江，治理完成后，就向东疏通彭蠡、震泽、松江、娄江、东江三江。