双方至此完全撕破脸面，拉开了1603年马尼拉大屠杀的血腥大幕。
菲律宾总督唐.佩德罗.德.阿古纳终于集结好了他的正规军部队，加上为数几千的邦邦牙土着兵，还有数百日本浪人武士。在各殖民点的教堂，也开始给西班牙平民殖民者分发武器，组建殖民者民兵。
当天上午十点，从通多赶来的五千多名华人包围了西班牙军队上尉马奎那的住家，这个首先对华人屠杀的军官。华人们动手点火烧屋，马奎那上尉全家六人包括两名幼子在内统统被杀。上尉还被华人起义者斩首，首级插在了庄园大门口的木柱上。
此刻，由于意见不统一，留守涧内和比农多的华人在一处教堂固守，人数将近上万。菲律宾总督下令西班牙军队发动反击。
涧内华人总管黄康的儿子，黄达(教名安东尼)，他在教堂里鼓动华人基督徒反抗，而他的父亲还在为西班牙人和华人之间的和平到处斡旋。
比农多成了西班牙军主力的攻击目标，黄达的部众被击溃，比农多被西班牙人收复。
为了取得粮食，另一批华人起义者向通多沼泽北部一处缓坡上的德尔.蒙塔修道院发动进攻，西班牙军队在修道院门口列阵，占据了地利。奥古斯丁修会的修道士们和西班牙士兵一样，手持武器向蜂拥而来的华人起义者射击，并且用两门炮猛烈轰击散乱的华人队伍，密密麻麻的华人被一片片打倒。
这是单方面的屠杀，摆好了阵型的西班牙军打败了缺乏火器的华人。在往后几天的混战中，华人战斗人员几近两万，一度在通多沼泽地里击败了一支西班牙正规军讨伐队。
10月4日，前任菲律宾总督达斯马里纳斯上校不顾劝阻，带着百余人深入沼泽地带搜剿华人。华人们埋伏在沼泽地水草丛中，以不顾一切地贴身肉搏抵消了西班牙人火枪的威力，将西班牙士兵杀死在沼泽地里。
其中，战死在沼泽地的有马尼拉大主教的侄子佩德罗.德.贝纳维德斯，他被华人抓住，抱手拉脚把他的头往泥水里摁，活活被沼泽地的泥浆憋死了。
前任菲律宾总督之子达斯马里纳斯上校曾经带队在巴石河北岸无情截杀华人，因此，华人们针对上校的复仇打击又多又狠。口吐鲜血的上校拼命挣扎，奇迹般冲出人群，然而，在他面前的是更多愤怒的华人。上校歪歪扭扭走了几步，跪倒在泥浆中，在胸前画着十字，一边吐血一边口念祈祷文。一名剃着了短发的华人基督徒走上前来，毫不犹豫用大棒击中了上校的后脑勺，打断了达斯马里纳斯上校和上帝之间的心灵交流，直接送他去见了上帝。据说，这个华人基督徒是种植园大屠杀中唯一的幸存者。