变异生物们被苏瑶的攻击激怒了，它们纷纷向巡逻艇扑来。苏瑶开启电磁护盾，抵御着变异生物的攻击。同时，她不断调整激光炮的攻击角度，寻找变异生物的弱点。经过一番激烈的战斗，苏瑶终于成功击退了变异生物。
但战斗的余波却引发了一系列问题。原本在海底相对稳定的垃圾层被搅动，大量隐藏在其中的放射性物质开始泄漏。苏瑶检测到海水里的辐射指数急剧上升，这不仅会让现有的海洋生物加速死亡，还可能催生更多不可控的变异。她马上花费30积分兑换了辐射中和剂的配方，又用20积分兑换了制造设备。在临时搭建的海上实验室里，她不眠不休地调配中和剂，然后指挥着纳米清理机器人将其播撒到受污染海域。
一波未平一波又起，周边海域的海盗听闻苏瑶在海洋清理行动中可能发现了珍贵资源，竟组团前来抢夺。他们的船只配备了重型武器，火力凶猛。苏瑶这边只有一艘巡逻艇，火力明显不足。紧急之下，她用40积分兑换了电子干扰装置和小型导弹发射器。利用电子干扰装置，苏瑶成功扰乱了海盗船只的通讯和导航系统，再借助小型导弹发射器，对海盗船的关键部位发动攻击。经过数小时的周旋，海盗们见占不到便宜，只能悻悻离去。
在清理一片深海区域时，纳米清理机器人的信号突然大面积中断。苏瑶深入调查后发现，是一种未知的深海生物群体在干扰机器人的运作。这些生物能够释放出特殊的电波，让机器人的电路陷入混乱。苏瑶不得不花费35积分兑换了电波屏蔽材料，重新改装了纳米清理机器人，使它们能够抵御这种干扰。
与此同时，海洋生态修复技术在某片关键海域的应用出现了严重偏差。原本投放的生物菌种不但没有促进海洋植物生长，反而抑制了其他有益微生物的繁殖。苏瑶花费大量时间分析数据，发现是当地海水的酸碱度和盐度与技术预设条件不符。她花费25积分兑换了海水环境调节药剂，经过多次调试投放，才让这片海域的生态逐渐回到正轨。
在一次常规巡逻中，苏瑶发现了一艘神秘的科研船。这艘船形迹可疑，在敏感海域徘徊。苏瑶悄悄靠近侦察，发现船上的科研人员正在进行非法的基因实验，企图制造出具有超强攻击力的海洋生物武器。苏瑶知道必须阻止他们，她用30积分兑换了潜入工具，神不知鬼不觉地登上科研船。在船上，她与科研人员斗智斗勇，关闭了实验设备，还将他们的犯罪证据通过通讯设备传送给了相关执法部门。