在成功战胜黑暗能量，迎来宇宙和平的曙光后，人类与其他文明沉浸在短暂的安宁与繁荣之中。然而，平静的表象下，一场新的危机正在悄然酝酿。
在宇宙的边缘地带，一个被遗忘的黑暗种族逐渐苏醒。他们曾在远古时期被其他文明联手封印，如今趁着宇宙各方势力放松警惕之际，重新崛起。这个种族名为“暗影族”，他们拥有着操控黑暗力量的邪恶能力，其野心是统治整个宇宙。
暗影族首先对一些较为弱小的文明展开了秘密攻击。这些文明在毫无防备的情况下，迅速被暗影族征服，成为了他们的附庸。暗影族利用这些被征服的文明获取资源，不断壮大自己的实力。
地球联邦的情报部门察觉到了宇宙边缘的异常动向，但起初并未引起足够的重视。直到越来越多的星球失去联系，人们才意识到问题的严重性。
一支由人类和其他友好文明组成的联合侦察队被派往调查。当他们抵达一处被暗影族攻击的星球时，眼前的景象让他们感到震惊和愤怒。整个星球被黑暗力量笼罩，城市变成废墟，居民惨遭屠戮。
侦察队在收集情报的过程中不幸被暗影族发现，双方展开了激烈的战斗。尽管侦察队奋力抵抗，但由于暗影族的力量过于强大，最终只有少数队员侥幸逃脱。
逃回地球的队员带回了令人胆寒的消息，地球联邦立即召开紧急会议。面对暗影族的威胁，人类和其他文明决定团结一致，共同抵抗。
一场激烈的星际战争爆发了。暗影族的舰队如黑色的潮水般涌来，他们的武器释放出黑暗能量，能够削弱和腐蚀敌人的战舰。在战斗的初期，联合舰队遭受了重大损失，许多英勇的战士献出了宝贵的生命。