然而，太子李建成对秦王府中人才济济的局面感到担忧，担心这些英才可能威胁到自己的地位。因此，李建成向父亲唐高祖李渊建议，将秦王府的官员调派至各地任职。这一命令下达后，大量官员被外放，这使得秦王李世民深感忧虑。此时，记室房玄龄对李世民说：
“虽然许多优秀的幕僚都将离开，但这并不值得惋惜。唯有杜如晦，此人不仅聪慧过人，更能洞察事理，具备辅佐君王的能力。如果大王志在一方，则无需此等人才；但若欲图天下，那么杜如晦将是不可或缺的得力助手。”
听了房玄龄的话，李世民恍然大悟，意识到险些错失一位重要的谋臣。于是，他立即向李渊上书请求，这才得以保留杜如晦在秦王府中的职位。
武德元年（618年），随着唐朝的建立，同年七月，面对陇西薛举的进犯，李世民率军前往泾州进行讨伐，虽初次交锋失利，但薛举不久病逝。李世民再次集结军队对抗薛仁杲，并任命杜如晦为随军顾问参与军事决策。最终，薛仁杲兵败投降，而后遭到处决。
武德二年（619年），当刘武周与宋金刚攻占太原时，杜如晦继续追随李世民出征，成功击退了叛军。到了武德三年（620年），李世民率军进攻洛阳的王世充，而后者又联合了窦建德。在此期间，杜如晦凭借其卓越的战略眼光和判断力，辅助李世民先后击败窦建德和王世充。在一系列针对割据势力的征战中，杜如晦以其智慧和远见卓识，成为了李世民身边不可或缺的智囊，为唐朝初期的统一事业立下了汗马功劳。
玄武政变
随着李世民在讨伐各地叛乱中屡建奇功，他的声望日隆，这引发了太子李建成和齐王李元吉的嫉妒。二人与唐高祖李渊的宠妃张婕妤、尹德妃暗中勾结，图谋陷害李世民。一次，淮安王李神通因战功获封大片土地，而张婕妤的父亲私底下向李渊索要这片地。当得知土地已赐予李神通后，他不甘心地通过张婕妤诬告李世民仗势欺人，指使李神通夺走土地。另有一次，杜如晦骑马路过尹德妃之父尹阿鼠的府邸时，被尹家仆人无理拽下马来殴打，并辱骂不已。事后，尹阿鼠又借尹德妃之口向李渊进谗言，说是李世民让杜如晦故意羞辱他。尽管李世民多次辩解，但李渊宠爱二妃，始终未能完全信任李世民。