然而，弘治中兴这一繁荣昌盛的局面之下，亦不可避免地存在着若干不足之处，其主要涵盖如下几个方面：
首先便是那始终难以根除的土地兼并难题。在弘治中兴期间，尽管明孝宗确实推行实施了一系列旨在对土地兼并加以约束限制的举措手段，但受限于封建土地所有制的固有本质特性，这一棘手问题终究未能获得根本性的妥善解决。
时光荏苒，岁月如梭，伴随着日子一天天过去，土地兼并现象不仅未见好转，反而愈发变本加厉、愈演愈烈起来。如此一来，众多农民被迫丧失自己赖以为生的土地，生活陷入困顿艰难之境，而由此引发的社会矛盾也日渐尖锐激烈化。
其次，财政危机的阴影依旧如影随形般笼罩不去。弘治中兴之际，明孝宗固然也曾想方设法通过各种途径策略以实现财政收入的增长提升。但无奈明朝当时所沿用的财政制度本身便存有诸多缺陷漏洞，致使财政危机并未因此而得以彻底消除。
譬如说，明朝现行的税收制度极不合理，从而直接造成了税收收入的严重匮乏不足；与此同时，明朝的财政支出规模又过于庞大臃肿，长此以往，财政赤字犹如雪球一般越滚越大，不断累加递增。
在弘治中兴那个时期，尽管明孝宗耗费心力地实施了一系列举措以图强化军事力量，但受限于明朝军事体制本身所潜藏的诸多弊端，军事力量相对薄弱这一状况并未从根源上得以扭转。