一日，一位身患怪病的富商前来求医，这病状前所未见，何雨柱一时也犯难。林萧大胆提出结合新疗法和传统针灸一试。众人半信半疑下，何雨柱决定让他一试。林萧沉着冷静施针用药，不久后富商竟有了好转迹象。
这件事让医馆名声更盛。但树大招风，一些江湖骗子联合起来污蔑何雨柱医馆是用妖术治病。谣言传播开来，影响了部分人的看法，前来求医的人数有所减少。何雨柱并不慌张，他带着弟子们走上街头，现场展示医术并讲解原理。民众亲眼目睹真相后恍然大悟，那些骗子也被官府惩治。医馆重新恢复生机，何雨柱欣慰地看着林萧等人，深知医道传承有望，自己的传奇仍将延续下去。没过多久，一个神秘人来到了医馆。此人一身黑袍，看不清面容。他指名要找何雨柱，说是有要事相商。何雨柱疑惑地接待了他。黑袍人缓缓道出，他来自一个遥远的家族，族中有多人患有一种特殊遗传性疾病，久治不愈，听闻何雨柱的大名与神奇医术，特来求助。何雨柱仔细询问病情后，发现此病症极为棘手，但他并未退缩。
他召集弟子们一同研究，林萧提出可以先从古籍中寻找类似病例。众人翻阅众多医书典籍，终于找到一丝线索。何雨柱根据线索调整新疗法，再配合一些珍稀药材。在施治过程中，险象环生，几次病人都险些失去生命体征，但何雨柱凭借高超医术稳住局面。最终，病人逐渐康复。这个家族感激涕零，送上厚礼与锦旗。这一事迹再次传遍四方，医馆成为了人们心目中真正的神医之地，前来求学、求医的人络绎不绝，何雨柱的医道传奇也越发耀眼。随着医馆的声望达到顶峰，何雨柱却感到一丝忧虑。他担心过度的追捧会让弟子们迷失本心。于是他将弟子们召集起来，严肃地告诫他们要坚守医道初心，不可被名利冲昏头脑。
一日，圣宫传来旨意，圣上听闻何雨柱的神技，欲召他进宫担任御医。何雨柱犹豫了，他舍不得离开自己一手创办的医馆，还有这群可爱的弟子。但君命难违，他正不知如何抉择时，林萧站了出来表示愿意代师入宫。何雨柱欣慰于林萧的担当，同时也感动于其他弟子的不舍挽留。
林萧入宫后，凭借着何雨柱所传医术大展身手。何雨柱则继续留在医馆，教导剩下的弟子。他时常写信给林萧，提醒他在宫中也要秉持医道。林萧不负所望，不仅治好了不少皇室成员的疑难杂症，还向宫内太医分享何雨柱的医道理念。宫外医馆在何雨柱的带领下，依然不断探索创新医术，救助无数百姓，何雨柱的医道传奇继续谱写着辉煌篇章。
几年过去，林萧在宫中站稳脚跟，深得圣上信任。但宫廷斗争波谲云诡，一些势力忌惮林萧的影响力，开始暗中设计陷害他。他们诬陷林萧以巫蛊之术害人，皇上大怒，将林萧打入大牢。
何雨柱得知后心急如焚，不顾年老体弱，决定进京救徒。他带着能证明林萧清白的医案记录和证据前往京城。到京后，他求见皇上，陈述实情，并当场验证医术。皇上这才明白林萧被冤枉，释放了林萧。