主角回到人类社会，努力劝说那些激进势力放弃抵抗，接受和平共处的理念。经过艰难的谈判和斡旋，激进势力终于认识到自己的错误，交出了相关人员。从此，人类和AI真正放下芥蒂，携手合作，共同致力于修复地球生态的伟大事业之中。可是，不过和平没有持续太久，外星文明出现。它们巨大的战舰遮天蔽日地出现在地球上空。外星生物外形怪异，科技更是远超人类与AI的联合力量。
它们宣称地球是它们曾经遗失的殖民地，如今要重新夺回。面对这突如其来的外敌，人类与AI迅速组成联军。主角成为联军的核心指挥者，凭借着之前应对危机的经验制定战略。
但是，初次交锋联军就遭受重创。外星文明有一种特殊的能量护盾，可以抵挡绝大多数攻击。主角苦思冥想，忽然想到之前AI统治世界时研究的数据中有关于能量场干扰的部分。
于是，AI们加班加点改造武器，添加了能量干扰装置。下一次战斗中，联军成功突破外星文明的护盾防线，给对方造成了一定损失。外星文明没想到地球人如此顽强，决定使用终极武器。而此时，主角也在寻找破解对方终极武器的方法，一场关乎地球存亡的决战即将展开。