另一方面，联盟开启了大规模的军事重建与升级计划。各文明纷纷贡献出自己的科技成果与资源。工程师们对受损战舰进行修复与改造，强化其护盾系统与能量武器。同时，研发新型战舰的计划也被提上日程。一种融合了多种文明科技优势的新型战舰开始设计，它将具备更强大的机动性、火力与防御能力。
在军事战略层面，联盟成立了专门的战略研究中心。来自不同文明的军事专家们汇聚一堂，共同研究针对神秘势力可能再次来袭的应对策略。他们分析神秘势力之前的战术，推测其未来可能的进攻方式，并制定出多种防御与反击预案。
在外交方面，联盟开始积极与宇宙中其他中立文明进行接触与交流。派出外交使团，向他们展示神秘势力的威胁以及联盟守护宇宙和平的决心，邀请他们加入联盟，共同对抗潜在危险。一些中立文明在了解情况后，表达了合作意向。联盟与这些文明签订了互助协议，在科技交流、军事协作等方面达成共识。
随着时间推移，联盟在军事重建与科研探索方面都取得了一定进展。新型战舰的原型机开始进行试航测试，其性能表现远超预期。神秘技术的研究也有了新发现，科学家们找到了一种可以稳定控制神秘技术能量的特殊物质。但就在联盟逐渐走向正轨时，新的危机悄然浮现。
在宇宙边缘的一些星球上，出现了一种神秘的能量波动现象。这些星球上的生物开始出现异常变异，文明秩序陷入混乱。联盟派遣调查队前往事发星球，发现这种能量波动与之前神秘势力基地中的能量有相似之处。这一发现让联盟意识到，神秘势力的残余力量可能正在策划新的阴谋，而联盟即将面临新的挑战与考验。在这未知的危机面前，联盟各文明再次团结起来，准备踏上新的征程，去揭开这神秘能量波动背后的真相，守护宇宙的和平与安宁。