宇智波佐助离开了木叶，第七班由于人员不足而解散。
漩涡鸣人因为中忍考试的贡献，还有自身实力的提升，晋升为上忍。
宇智波佐助被列为叛忍，但其实是卧底，在大蛇丸那里学习适合自己的战斗方式，和大蛇丸相处愉快。
春野樱由旗木卡卡西引荐，成为纲手的徒弟。
旗木卡卡西也恢复了以前的状态，每天接着高难度的任务，游走在黑暗之中，重新带上以前的称号，复制忍者，写轮眼卡卡西。
因为志村团藏的死亡，根部的忍者，一部分回归家族，一部分回到村子，成为明面上的忍者，恢复了在阳光下的生活。
但并不是所有人都满足于这样的生活，依旧有人是从心里崇拜志村团藏，想要为志村团藏报仇。
但却并没有背叛木叶的想法，在所有人看来，志村团藏的死都是因为大蛇丸。
只有漩涡鸣人和奈良鹿久知道真相。
三年的时间。
纲手接管了木叶的大部分力量，把木叶掌握其中。