随着神秘舰队的撤退，联盟和星际联盟暂时获得了喘息的机会，开始全力投入到战后的重建与发展之中。
联盟内部，各个星系都在紧锣密鼓地修复战争中受损的城市和基础设施。工程师们运用从古老文明遗迹中学到的先进技术，对星能供应系统进行了优化升级，使其更加稳定高效，不仅满足了民众日常生活的需求，还为军事防御设施和科研机构提供了充足的能源支持。同时，新建的防御工事在关键星球和战略要地拔地而起，这些工事采用了新型的能量护盾技术和强化合金材料，能够抵御更强大的攻击，为联盟的安全提供了坚实的保障。
在军事方面，联盟和星际联盟的军事专家们共同对这次战斗进行了深入复盘，总结经验教训，找出了在战术配合、武器运用以及情报侦察等方面存在的不足之处，并针对性地制定了改进方案。根据这些方案，双方联合开展了大规模的军事演习，进一步磨合战术，提升协同作战能力。同时，科研团队也在加速研发新一代的星能武器和防御装备，将古老文明的技术与现有的科技成果相结合，力求在未来的战斗中占据更大的优势。
然而，联盟并没有满足于暂时的胜利而放松警惕。情报部门持续加强对神秘舰队的监视，通过各种渠道收集他们的行踪和动态信息。虽然神秘舰队在遭受重创后暂时销声匿迹，但种种迹象表明，他们正在某个隐蔽的角落休养生息，谋划着新的反击策略。
为了防患于未然，联盟决定主动出击，派遣联合探索舰队深入宇宙，寻找神秘舰队的隐藏基地，争取在他们再次发动攻击之前将其彻底摧毁。这支探索舰队由联盟和星际联盟中最优秀的船员组成，配备了最先进的探测设备和强大的武器系统，还搭载了一批顶尖的科学家和技术专家，以便在探索过程中对可能发现的神秘文明遗迹或未知科技进行研究和解读。
探索舰队沿着神秘舰队撤退的方向小心翼翼地前行，穿越了一片片充满危险的星际区域，如辐射强烈的星云、引力异常的黑洞附近以及陨石密集的小行星带。一路上，他们凭借着高超的驾驶技术和先进的探测仪器，成功避开了许多潜在的威胁，同时也收集到了一些关于神秘舰队的零散线索。
在一次偶然的机会中，探索舰队的探测器发现了一个隐藏在一颗巨大气态行星背后的小型基地。这个基地的规模虽然不大，但从其散发的能量波动和防御设施来看，显然是神秘舰队的一个重要前哨站。舰队指挥官当机立断，决定对这个基地发动突袭，以获取更多关于神秘舰队的情报，并试探他们的防御能力。