随着神秘基地的危机解除，和平探索联盟迅速展开了战后的一系列重建与梳理工作。舰队首先对那片黑暗星云区域进行了细致的排查，清除了剩余的危险因素，确保这里不会再成为威胁宇宙和平的隐患滋生地。
科研团队在神秘基地的主控室里收获颇丰，他们收集到了大量的数据资料，这些信息经过分析解读后，逐渐拼凑出了那股邪恶势力的全貌。原来，这个幕后黑手所属的种族曾是远古宇宙中一个妄图称霸的极端势力，在一场上古大战中被诸多正义文明联合封印，可经过漫长岁月，其残留的部分力量不知通过何种方式悄然复苏，并暗中策划着破坏宇宙现有秩序、重新掀起混乱的阴谋。
基于这些发现，联盟决定加强对宇宙历史中此类邪恶遗留的普查力度。由各文明的历史学家、星力学者以及考古专家组成了一支专业的溯源团队，他们的任务便是深入各个古老星系、遗迹，去挖掘更多关于远古邪恶势力的线索，建立起一个详尽的宇宙危险档案库，以便日后能提前察觉并预防类似危机的发生。
在联盟内部，受此次事件影响的各个方面也都在有条不紊地进行着重整与升级。那些在战斗中受损的星舰纷纷回到各自文明的船坞中，进行全面的修复与强化改造。工程师们借鉴了战斗中遇到的各种攻击情况，为星舰设计了更具针对性的防御机制，比如采用了多重星力护盾叠加技术，即便一层护盾被击破，后续的护盾也能继续抵挡攻击；还优化了星舰的武器系统，使其能在不同的宇宙环境下更精准、更高效地发挥火力。
各个文明的据点同样迎来了一轮新的建设热潮。防御工事被进一步加固，不仅增加了更多的星力炮台，还构建起了一套智能的预警与反击一体化系统。一旦有可疑的能量波动或者不明物体靠近，系统便能迅速判断威胁等级，自动启动相应的防御措施并及时通知驻守人员，大大提升了据点的安全性。
而在人员方面，经历了这场生死之战，联盟更加重视对各文明战斗力量和专业人才的培养。联合军事学院扩大了招生规模，增设了许多贴合实战需求的课程，像针对不同类型邪恶生物的战斗策略、应对未知危险环境的生存技能以及跨文明协同作战的默契训练等等。通过这些课程的学习与实践演练，新一代的联盟成员们能够更从容地应对未来可能出现的各种危机。