时光悠悠，叶凡等人在沉睡了数十年后，终于陆续苏醒。看着满目疮痍却又充满生机的三界，他们心中满是欣慰。
苏醒后的叶凡，因之前燃烧本源混沌之力，修为竟意外突破至主宰中阶巅峰，晋级主宰高阶境界，离巅峰只差一步之遥。他深知，宇宙中的威胁越来越强，自身实力必须不断提升，才能更好地守护三界。
于是，叶凡决定闭关苦修，探寻更高层次的混沌之道。在闭关之地，他沉浸于灵力的海洋，感悟天地规则，与混沌之力深度融合，每一次突破瓶颈都伴随着难以想象的痛苦，但他从未放弃。
叶灵轩也在调养好伤势后，晋级主宰巅峰境界。游历三界各地，收集珍稀灵植、矿石，钻研更为精妙的自然法术，他将自身对自然的感悟融入修行之中，境界稳步提升，终于突破主宰巅峰瓶颈，晋级祖皇境一重境界，成为三界中举足轻重的守护力量。
苏瑶专注于净化之道的研究，她深入那些被邪恶力量污染的禁地，以身试险，尝试净化最为顽固的黑暗气息。在不断的实践与探索下，她不仅灵力愈发醇厚，净化之法也更为神妙，能在瞬间净化大片被污染之地，为三界的恢复立下汗马功劳。
林羽泉则投身于三界卫士的训练之中，他将多年战斗经验总结成册，传授给年轻卫士们。同时，他结合最新的科技与灵力运用，研发出一套全新的防御剑阵，剑阵一旦展开，攻防一体，威力惊人，大大提升了三界的整体防御力量。
在众人的努力下，又过了数百年，三界彻底恢复往日繁荣，科技与灵力的结合达到了一个全新的高度。灵能飞行器速度更快、更加稳定，能够穿梭于不同次元空间；灵晶聚能塔不仅能提供能源，还具备自我修复与防护功能，可抵御外敌攻击；各种灵植丹药更是层出不穷，普通百姓服用后也能延年益寿、强身健体。