不过，神保长职也察觉到了越后上杉家即将出兵越中的迹象。他对此丝毫不敢怠慢，不仅下令重臣水越盛重加快对富山城筑城的进度，还下令东新川郡的飞驒守五郎左近尉、板屋政广、总田太郎左卫门、狩野中务丞等旗下国人领主开始囤积粮草辎重，做好合战的准备。
在无法获得越中、加贺两国一向一揆众支援的情况下，神保长职的策略就是扼守越中一国各处的重镇要地，下令家中重臣、旗下国人领主进行节节抵抗，以拖延越后上杉军的进攻速度，尽可能消耗越后上杉军的军事资源，为最后的决战和反攻做好充分准备和赢得时间。
而上杉清定这边则是趁着自己在没有外患的情况下，集中颈城郡、刈羽郡、鱼沼郡、三岛郡、水内郡一部的兵力出阵越中。至于自己一直不太放心的长尾俊景和长尾为重二人，清定则是留下了扬北众诸将、长尾房景、须田为定、本庄实乃等人。
天文九年，七月十日。
在正式出兵越中之前，清定留下了八条春纲、八条能重、计见尧元、广居忠家、石坂忠章、松木秀朝、黑金景信、藤目胜久等刈羽郡元从家臣，让他们分别留守在颈城郡、刈羽郡、鱼沼郡的等地担任目付，监察留在越后一国的诸将。
在安排好领内重镇要地的防卫后，清定就以山本寺定长、村山直义、富永长纲三部作为先阵，柿崎景家、桃井义孝、安田景元三部作为次阵，市河赖房、北条高定两部作为三阵，宇佐美定满为军师，直江景纲为小荷驮奉行，大熊朝秀为军粮奉行，八条房繁为旗本前备兼任军奉行，宇佐美定胜为旗本左备，八条广繁、小岛贞兴二人为旗本右备，八条宪繁为旗本后备，栗林赖忠、福岛政为两部作为游军，石川重久、斋木尚重两部作为后阵，上条定赖、金津义旧、甘糟泰重、丸山昌明、平子房政、金子尚纲、发智长芳、大关亲信、登坂清高、下平吉长、上野家成、福王寺孝重等部为本队直辖军势，平田宗定、须田村定二人负责率越后水军众的绝大部分战船袭扰富山湾一带神保家治下的沿海地区，伺机攻打放生津以及府中城。
为了更好的削弱神保家的战力，使神保长职首尾难以兼顾。清定还特意派遣小岛入道作为使者出使能登七尾城，请时任匠作畠山家家督、能登守护畠山义总出兵袭扰北射水郡。
对于越后上杉家出兵牵制神保家的要求，畠山义总没有拒绝。因为自从神保长职在神保家的旧臣们支持下举兵后，就将匠作畠山家所领有的北射水郡蚕食鲸吞的就只剩下森寺城（汤山城）、八代城、阿尾城等几座城池兵砦。
故而，畠山义总早就想出兵收复旧领，只是因匠作畠山家与加贺一向一揆众交恶的原因，不敢轻易出兵南下。如今，上杉清定已经被足利义晴补任为越中守护，有出兵救援椎名家之意，那么匠作畠山家也不必大举出兵南下，只需派出部分军势南下射水郡伺机而动即可。
在畠山义总看来，只要上杉清定能击败神保长职，那么自己就出兵收复射水郡的旧领；若是上杉清定没能击败神保长职，那么自己就可以将进驻在能登、越中两国境目地带的军势撤回本领，以免遭到神保长职的打击报复。
于是，神保庆明、神保八郎左卫门、板屋政广、宫崎太郎等人在探查到面前的这支越后上杉军不超过三千的兵力后，就当机立断，主动率三千余军势倾巢而出，强渡境川。
在外交、军事方面完全准备妥当后，清定就以一千余水军众、一千名苗字带刀众、两百名马廻众、三百名龙捷备、三百名虎捷备、一千名常备足轻、八千五百余征召军势、阵夫一万余人，共计两万两千三百余人水陆并进出阵越中。