回到联盟总部，守护者们立刻向高层汇报了此次事件的经过。联盟决定召集各路高手，组成特别行动队深入调查此事。林羽等人也加入其中。
他们沿着之前发现的线索追寻，来到了一个偏僻的星云之中。在这里，他们发现了一座隐藏在暗物质后的巨大基地。正当他们靠近时，却触发了基地的防御系统，无数小型飞行器如蜂群般涌出。
守护者们冷静应对，各施手段。艾丽召唤出元素精灵助阵，李浩利用科技装置制造干扰磁场。林羽则带领影风直捣黄龙，冲向基地内部。
在基地深处，他们终于发现了幕后黑手——一个妄图统治宇宙的疯狂科学家。他创造出那种危险的能量晶体，并改造机械战舰。就在双方对峙之时，科学家却露出得意笑容，原来他早已在联盟总部埋下炸弹。
林羽等人心中大惊，紧急联系总部疏散人员。而后他们合力对抗科学家，一番激斗之后，成功将其制服，解除了总部的危机，宇宙的和平暂时得以维护。虽暂时制服了科学家，但林羽知道隐患仍存。他在科学家的资料库中查找关于能量晶体和机械战舰的所有资料，准备彻底销毁。然而科学家冷笑一声：“你们以为这就完了？我的研究成果早已散布出去。”众人脸色一变。
这时，联盟传来消息，多个星球检测到异常能量波动，疑似新型能量晶体引发。林羽决定再次出发，其他守护者纷纷响应。他们兵分几路前往各个星球。
林羽到达一颗资源丰富但武力薄弱的星球，这里已被机械生物侵占。他施展高强武艺，配合当地反抗力量一路杀进核心区域。竟发现这里的主脑也是那位科学家的作品，它正吸收星球能源转化为新的危险晶体。林羽拼尽全力摧毁主脑后，告知当地居民防范措施。
其他守护者也陆续成功解决各自面临的危机。最后大家重新汇聚，商议建立更为严密的监控体系，防止类似事件重演，守护宇宙和平成为他们永恒的使命。尽管建立了监控体系，但平静并没有持续太久。一天，联盟的监控系统突然全面失灵。紧接着，各地传来警报声，无数黑洞凭空出现并释放出强大吸力。林羽意识到这必然又是那个科学家留下的后手。
众人迅速集结，通过特殊设备朝着黑洞源头进发。当接近后才发现，原来是那科学家早就研发出一种可以扭曲空间的装置，以此来制造黑洞发动攻击。而装置周围还有一层保护罩，普通攻击难以突破。