杰克带领众人继续拆解机械生物，获取更多的神秘晶体。然而，在深入研究这些晶体时，科学家们发现其中蕴含着一种特殊的频率波动，这种波动竟与外星生命的某种联络信号相似。正当大家疑惑之时，遥远的天际再次出现异动。原来是外星文明察觉到了地球这边的状况，派出了更为先进的回收舰队前来夺回晶体，并报复地球。杰克等人紧急商讨对策，决定利用之前发现的外星战舰能量核心过载自爆原理，设计陷阱。他们将一部分晶体放置在一座即将坍塌的摩天大楼内，周围布满炸药与干扰装置。杰克率领敢死队吸引外星回收舰队的注意力，诱导它们进入大楼区域。当外星舰队接近大楼时，杰克下令引爆炸药，干扰装置同步启动，成功使外星舰队陷入混乱。随后众人合力使用剩余的晶体能量对外星舰队进行反击。经过激烈战斗，外星舰队最终被击退。经此一役，人类更加坚定信念，积极探索新科技，地球逐步踏上复兴之路。
在地球逐步复兴的过程中，杰克成为了英雄式的人物。但他却并未因此懈怠，而是继续投身于对神秘晶体更深层次的研究工作当中。一天，杰克在研究晶体时意外触发了一个隐藏的信息波段。通过解码翻译，他们得知原来宇宙中有一股神秘力量一直在暗中操控着各个星球间的资源争夺，包括地球遭受的外星侵略也是其布局的一部分。
这股力量察觉到地球在经历两场战争后竟掌握了晶体能源技术，开始忌惮起来。于是，它准备亲自出手毁灭地球文明。杰克深知此次敌人异常强大，但他毫不畏惧。他联合全球顶尖的科学家与工程师，以晶体能源为基础，建造了一个超级护盾发生器环绕地球。同时，他还训练出一支精英部队，配备最新研发的基于晶体能源的武器装备。当神秘力量来袭时，地球的超级护盾抵挡住了第一轮攻击，精英部队则抓住时机发起反击。在一场惊心动魄的大战之后，凭借顽强的意志和先进的科技，地球终于成功抵御住了神秘力量的侵袭，真正开启了属于人类的新纪元。
随着新纪元的开启，地球各方面都蓬勃发展。但杰克并未满足于此，他好奇那股神秘力量到底是什么。于是他集结了一批志同道合者，乘坐一艘以晶体能源驱动的飞船，驶向茫茫宇宙深处探寻真相。
航行途中，他们遭遇各种奇异现象与危险。一次穿越虫洞后，来到一个神秘星球。这里满是散发蓝光的植物，还有奇特生物。杰克等人发现这个星球似乎隐藏着关于那股神秘力量的线索。
他们深入探索，在一个古老遗迹中找到了一块巨大的水晶板。水晶板记录着神秘力量其实是一个超级智能生命体，它妄图控制整个宇宙的资源。
正当他们要进一步探究时，遭到了守护遗迹的机械傀儡攻击。杰克指挥众人一边抵抗，一边尝试解读水晶板更多内容。经过苦战，终于击退傀儡，获得关键信息。他们带着希望返回地球，打算依据这些信息研制出更强大的防御措施，确保地球永远不会再被威胁。