在深海区域，一种名为琵琶鱼的生物发生了奇特的变化。琵琶鱼的发光器官原本是为了吸引猎物，现在却变得异常明亮且闪烁不定。这种失控的发光不仅没能吸引猎物，反而引来了一些凶猛的变异生物，使得琵琶鱼的生存面临更大威胁。同时，海洋中的浮游生物数量急剧减少，它们是海洋食物链的基础，这一变化如同推倒了多米诺骨牌，影响逐渐向上游传递。
海洋生态进一步恶化。海胆这种常见的海洋生物，身上的棘刺变得长短不一，有些甚至变得异常坚硬，像尖锐的针。原本以海胆为食的海獭，在捕食时经常被这些变异的棘刺刺伤，导致海獭的数量也开始下降。
在日本周围海域，出现了一种巨型水母。这种水母原本体型较小，但在核废水的影响下，直径竟然长到了数米，触须长达数十米。它们在海洋中大量繁殖，堵塞渔网，破坏渔业设施，给渔民带来了巨大的经济损失。而且，它们的毒性也变得更强，一旦被其触须碰到，皮肤会立刻出现严重的灼伤和溃烂。
到了1996年，核废水排放进入第六个年头，海洋生态被破坏得极为严重。许多珍稀的海底生物，如腔棘鱼，这种被称为“活化石”的古老鱼类，已经难觅踪迹，很可能已经灭绝。
海龟的孵化出现了严重问题，大量的海龟蛋无法正常孵化，即使孵化出来的小海龟，也大多存在身体畸形的情况，如少了一只鳍或者龟壳发育不全。这些小海龟在充满危险的海洋中几乎没有生存能力。
海洋中的鲨鱼也受到了影响，它们的免疫系统遭到破坏，更容易感染各种疾病。曾经凶猛的鲨鱼，如今变得虚弱不堪，在海洋中的霸主地位岌岌可危。整个海洋食物链濒临崩溃，海洋生态系统陷入了前所未有的危机。