儒家思想在日本的传播与发展也是中日文化交流的重要内容。儒家思想强调的“仁、义、礼、智、信”等观念，与日本社会的传统价值观相契合。在日本的奈良时代和平安时代，儒家思想逐渐成为日本统治阶层的重要思想基础。日本的贵族子弟纷纷学习儒家经典，儒家的礼仪制度也被引入日本的宫廷和社会生活中。例如，日本的学校教育中，儒家经典成为重要的教学内容；在政治上，儒家的“仁政”思想影响了日本统治者的治国理念。
佛教的传入则进一步丰富了日本的文化内涵。佛教大约在公元 6 世纪通过朝鲜半岛传入日本。佛教的教义和哲学思想对日本的宗教、艺术、文学等领域产生了巨大的影响。日本的佛教建筑、佛像雕刻等艺术形式，融合了中国和印度的佛教艺术风格，形成了独特的日本佛教艺术。佛教的传播还促进了日本社会的思想变革，许多佛教的修行方式和道德观念融入了日本民众的日常生活中。
随着现代科学技术的发展，基因研究为探寻日本人祖先与中国的关系提供了新的视角。通过对现代日本人基因的分析，研究人员发现，现代日本人的基因中含有多种不同的成分。其中，有一部分基因与中国北方汉族的基因存在较高的相似性，这表明在历史上，日本的祖先与中国北方地区存在着一定的基因交流。同时，也有研究发现，日本的基因中还包含了一些来自东南亚、东北亚等地区的基因成分，这说明日本民族的形成是一个多元融合的过程，中国只是其中一个重要的影响因素。
在考古方面，日本出土的许多文物也为研究日本人祖先与中国的关系提供了线索。例如，在日本的一些古墓中，出土了大量的铜镜、玉器等文物，这些文物的造型和制作工艺与中国古代的同类文物极为相似。尤其是在弥生时代的遗址中，发现了大量的青铜器和铁器，其制造技术明显受到中国战国秦汉时期的影响。这些考古发现表明，在古代，日本与中国之间存在着频繁的贸易往来和文化交流，日本的祖先们通过学习和吸收中国的先进技术和文化，推动了自身社会的发展。
日本人祖先与中国的关系是一个复杂而多元的历史话题。从早期的神话传说和历史记载，到徐福东渡的传说，再到文化传播与融合以及现代科学技术的研究，都表明日本的祖先在漫长的历史进程中，与中国有着千丝万缕的联系。无论是在文化、技术还是基因等方面，中国都对日本民族的形成和发展产生了深远的影响。然而，日本民族的形成并非单一地受到中国的影响，它还融合了其他地区的文化和基因元素。在未来的研究中，随着更多的考古发现和科学技术的应用，我们有望更加深入地了解日本人祖先与中国之间的关系，进一步丰富和完善这一重要的历史课题。