在神秘球体区域，亚历克斯舰长带领着各文明的战舰，按照神秘守护者的指示，开始调整能量频率。这是一个极其复杂且危险的过程，一旦频率调整失误，不仅无法激活球体防御机制，还可能引发能量反噬，摧毁所有战舰。各文明的科学家们全神贯注，额头布满汗珠，紧张地操作着仪器。
终于，在经过无数次的尝试和调整后，第一艘战舰成功与球体的能量频率相融合，一道柔和的光芒从战舰上蔓延至球体，紧接着，第二艘、第三艘……越来越多的战舰完成了融合。神秘球体的光芒愈发耀眼，符文闪烁得更加剧烈，强大的能量波动在宇宙中扩散开来。
黑暗生物似乎察觉到了神秘球体这边的变化，分出一部分兵力朝着神秘球体区域赶来，企图阻止星际联盟激活球体防御机制。亚历克斯舰长见状，立刻率领战舰迎击。在这片远离主战场的宇宙空间中，又一场激烈的战斗爆发了。
亚历克斯舰长的舰队利用机动性和对周边环境的熟悉，与黑暗生物展开周旋。量子文明的战舰不断释放出强大的量子攻击，打乱黑暗生物的进攻阵型；机械文明的战舰则发射出大量的追踪导弹，对黑暗生物进行精准打击。但黑暗生物的数量实在太多，亚历克斯舰长的舰队渐渐陷入了困境。
就在此时，星际联盟总部传来消息，主战场上的黑暗生物主力部队已经突破了第二道防线，距离核心区域越来越近。如果不能尽快激活球体防御机制，星际联盟将面临灭顶之灾。
在这千钧一发之际，神秘球体的能量频率终于与所有参与融合的战舰完全同步。球体表面爆发出一道强烈的光芒，一股强大的净化能量以球体为中心，向整个宇宙扩散开来。黑暗生物被这股净化能量笼罩后，战舰的护盾迅速被削弱，黑暗生物的身体也开始变得虚弱，行动变得迟缓。
亚历克斯舰长抓住这个机会，率领舰队发动了全面反击。在净化能量的加持下，他们的攻击变得更加致命，黑暗生物的分遣舰队逐渐被击退。而在主战场上，净化能量的到来也让局势发生了逆转。星际联盟的军队士气大振，他们趁势发动反攻，将黑暗生物主力部队一步步逼退。