在宇宙的欢庆声还未完全消散之时，艾莉丝和暗影主宰已然投身到重建宇宙秩序的艰巨任务之中。联盟总部成了指挥中心，源源不断的资源调配指令从这里发出，流向那些遭受黑暗势力重创的星球。
艾莉丝和暗影主宰亲自前往受灾最严重的星球——纳鲁星。这颗曾经充满生机的星球，如今满目疮痍，城市化为废墟，生态系统濒临崩溃。艾莉丝看着眼前的景象，心中满是悲痛：“我们必须尽快行动，让纳鲁星重新焕发生机。”暗影主宰微微点头，目光坚定：“召集联盟的科研团队，我们一起研究恢复生态的方案。”
在接下来的日子里，联盟的科研人员日夜奋战。他们利用先进的科技，净化被黑暗能量污染的水源，修复受损的土壤。艾莉丝和暗影主宰则带领着工程队，重建纳鲁星的城市。他们指挥着巨大的建筑机器人，将一块块废墟清理，再用新型的建筑材料搭建起高楼大厦。
随着时间的推移，纳鲁星逐渐有了起色。清澈的水流重新在河道中流淌，绿色的植被开始覆盖大地，曾经流离失所的纳鲁星人也陆续回到了自己的家园。看着逐渐恢复生机的纳鲁星，艾莉丝和暗影主宰的脸上露出了欣慰的笑容。
然而，在宇宙的深处，一股潜藏的危机正在悄然酝酿。在一片神秘的黑暗星云中，一个神秘的组织正在秘密集会。这个组织的成员个个身着黑袍，他们的面容隐藏在黑暗之中，只露出一双双散发着诡异光芒的眼睛。
“艾莉丝和暗影主宰以为消灭了黑暗势力，就能高枕无忧了，真是愚蠢！”一个低沉的声音在黑暗中响起。
“没错，我们蛰伏已久，是时候让他们见识一下我们的力量了。”另一个尖锐的声音附和道。
这个神秘组织名为“暗影议会”，他们一直隐藏在黑暗势力的阴影之下，暗中积蓄力量。如今，黑暗势力被消灭，他们认为这是一个夺取宇宙控制权的绝佳机会。
暗影议会的首领缓缓站起身来，他的手中握着一根散发着黑色光芒的权杖：“我们要先破坏联盟的重建计划，制造混乱。然后，再逐步瓦解他们的势力。”
在暗影议会的策划下，一系列破坏行动在各个星球展开。在资源运输的航线上，时常出现神秘的袭击者，他们抢夺联盟用于重建的物资；在一些刚刚恢复生机的星球上，又出现了莫名的病毒，导致居民生病，社会秩序混乱。
艾莉丝和暗影主宰很快就察觉到了这些异常。他们紧急召开联盟会议，商讨应对之策。
“最近的这些袭击和破坏事件，绝非偶然。一定是有一股新的势力在背后捣鬼。”艾莉丝面色凝重地说道。
暗影主宰皱了皱眉头：“我们必须尽快找出这个神秘组织，否则联盟的重建计划将功亏一篑。”