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除了黄河和长江，秦朝还有众多的湖泊，如云梦泽等。这些湖泊在调节气候、涵养水源、维持生物多样性方面发挥着重要作用。云梦泽周边湿地水草丰美，是众多水鸟和水生动物的家园。然而，随着人口增长和对土地的需求，部分湖泊周边开始进行围湖造田，湖泊面积逐渐缩小，其生态调节功能也随之减弱，许多依赖湖泊生存的生物面临生存危机。
秦朝时期，生物多样性较为丰富，各种生物在相对稳定的生态系统中相互依存，维持着生态平衡。
在森林生态系统中，北方的温带森林里，生长着松树、柏树、栎树等树木，林间生活着野猪、野兔、狼、狐狸等野生动物。这些动物在森林中觅食、栖息，构成了复杂的食物链。例如，狼以野猪、野兔等为食，控制着它们的数量，从而维持森林植被不被过度啃食。而南方的亚热带森林中，除了高大的樟树、楠木等树木，还有许多珍稀的野生动物，如大熊猫（当时分布范围比现代更广）、金丝猴等。这些生物在森林的庇护下，繁衍生息，形成了独特的生态景观。
草原生态系统中，北方的草原上生长着茂密的牧草，是众多食草动物的天堂。成群的牛羊在这里放牧，同时，草原上还生活着羚羊、野马等野生动物，以及以它们为食的鹰、狼等食肉动物。这种食草动物与食肉动物之间的动态平衡，保证了草原生态系统的稳定。然而，过度放牧使得草原植被遭到破坏，影响了食草动物的生存，进而影响到整个草原生态系统的平衡。
在水域生态系统中，黄河、长江等河流以及众多湖泊中，鱼类资源丰富。鲤鱼、鲫鱼、草鱼等常见鱼类在水中游动，它们以水中的浮游生物、水草等为食。而一些大型的水生动物，如鳄鱼、白鳍豚等，处于食物链的较高位置。此外，水域周边的湿地为许多候鸟提供了停歇和觅食的场所，每年都有大量候鸟在此栖息、繁衍，丰富了水域生态系统的生物多样性。但人类的捕鱼活动、水污染以及湿地的破坏，对水域生物的生存和繁衍构成了威胁，影响了水域生态平衡。
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