在宇宙恢复和平后的一段日子里，各个星球都沉浸在重建与发展之中。秦峰的星球上，新的守护者学院拔地而起，年轻的学员们怀揣着梦想与勇气，在这里学习各种技能与知识，以传承守护宇宙和平的使命。鸣人回到忍者世界后，忍者们将对抗黑暗势力的经历融入到日常训练中，整个忍者世界的实力得到了显着提升。佐助在钻研忍术的同时，也会时不时地前往其他星球交流，将忍者的文化与力量传播出去。林风的故乡在他的努力下，恢复了往日的宁静与繁荣，元素之力再次和谐地流淌在每一寸土地上。
然而，表面的和平之下，一股暗流正在悄然涌动。在宇宙的一个偏远星系，一颗被废弃的星球上，残留的黑暗力量开始聚集。这些黑暗力量源自黑暗主宰被封印时的残余，它们在星球的核心区域逐渐形成了一个黑暗能量旋涡。
旋涡不断吸收着周围的负面情绪和黑暗物质，力量日益强大。与此同时，一些心怀不轨的人察觉到了这股黑暗力量的存在。为首的是一个名叫影煞的神秘人物，他原本是一名强大的宇宙海盗，对力量有着极度的渴望。影煞听闻了黑暗主宰的传说，认为借助这股残余的黑暗力量，自己便能成为宇宙的霸主。
影煞召集了一群同样贪婪和邪恶的追随者，包括擅长黑暗科技的机械师墨羽，精通黑暗魔法的女巫莉莉丝，以及拥有强大格斗能力的狂战士加尔。他们一同来到这颗废弃星球，试图控制黑暗能量旋涡，为自己所用。
影煞站在黑暗能量旋涡前，眼中闪烁着贪婪的光芒：“这股力量将是我称霸宇宙的钥匙，有了它，那些所谓的英雄们都将匍匐在我的脚下！”墨羽则摆弄着手中的黑暗科技装置，试图找到控制旋涡的方法：“首领，这股能量太过强大和不稳定，直接控制可能会引发巨大的灾难。”莉莉丝挥动手中的魔杖，施展黑暗魔法感知着旋涡的奥秘：“或许我们可以找到一种媒介，来引导和稳定这股能量。”加尔则在一旁摩拳擦掌：“管他什么方法，只要能得到力量，我就去把那些碍事的家伙都打倒！”
经过一番研究，莉莉丝发现一种名为“黑暗晶核”的稀有物质可以作为稳定黑暗能量旋涡的媒介。而“黑暗晶核”据说隐藏在一个神秘的次元裂缝中，这个次元裂缝位于一个古老的星云附近。影煞立刻下令众人出发寻找“黑暗晶核”。
与此同时，秦峰在守护者学院授课时，心中突然涌起一股不祥的预感。他想起了黑暗主宰被封印时，那股隐藏在黑暗深处的未知力量。为了以防万一，秦峰决定召集鸣人、佐助和林风，一起对宇宙进行一次全面的巡查。