返回基地后，三人虽成功封印黑暗魔神，但因能量消耗过度陷入昏迷。基地里的医护人员紧急救治，数日后他们才陆续苏醒。王宇醒来后，第一时间查看旗舰的受损报告，发现不少关键部件在之前的战斗中损坏严重，急需修复与升级。马小玲调养身体时，也在思索如何提升法术威力，以应对更强大的黑暗势力。王逸则沉浸在对黑暗魔神相关资料的整理与分析中，试图挖掘更多有用信息。
修复旗舰的过程中，技术人员发现破损部件的材质因受黑暗能量侵蚀发生了变异，常规材料无法兼容。王逸结合之前对黑暗魔法的研究，提出利用一种宇宙中稀有的矿石，经过特殊魔法处理后与常规材料融合，或许能解决这一难题。王宇和马小玲听闻，立刻出发寻找矿石线索。
他们来到一颗被星际海盗盘踞的星球，这里流传着神秘矿石的传说。刚一降落，便被海盗盯上。海盗们驾驶着改装的飞船，火力全开地朝他们攻击。王宇驾驶着临时修复的小型战机灵活躲避，马小玲站在战机舱口施展法术，干扰海盗的瞄准系统。在激烈的交火中，王宇发现海盗飞船的能源核心存在设计缺陷，他抓住时机，精准攻击，成功击退海盗。
之后，他们从当地居民口中得知，矿石被藏在星球深处的一个古老洞穴里，洞穴中布满致命机关。进入洞穴后，他们先是遭遇了会自动追踪的毒箭，王宇用能量护盾抵挡，马小玲则用法术改变箭的飞行轨迹。再深入，地面突然塌陷，露出深不见底的深渊，只有几根悬浮的石柱可供通行。王逸运用魔法稳定石柱，三人小心翼翼地通过。
最终，他们找到了矿石。就在带着矿石准备离开时，洞穴开始剧烈摇晃，似乎即将坍塌。王宇背着矿石，马小玲和王逸在两旁掩护，三人拼命奔跑，在洞穴崩塌的前一刻成功逃离。
回到基地，王逸立刻着手处理矿石，与技术人员一同将其融入旗舰部件。经过日夜奋战，旗舰完成升级，性能大幅提升。与此同时，马小玲在法术修炼上也取得突破，领悟了新的净化法术。王逸则从古老文献中找到关于黑暗魔神信徒组织的线索，得知他们在宇宙多个星球秘密集结，准备再次行动。三人没有丝毫犹豫，驾驶着升级后的旗舰，向着危险再次进发。王宇三人驾驶旗舰，根据王逸的线索前往第一个可疑星球。这颗星球被浓厚的工业烟雾笼罩，探测器显示，星球表面有多处能量异常波动，疑似黑暗魔神信徒的据点。他们降落在一片废墟附近，刚走出旗舰，便感受到一股压抑的气息。
突然，一群机械卫兵从四面八方涌出，这些卫兵身形高大，装备着先进的武器，发出刺耳的电流声，朝着他们疯狂扫射。王宇迅速举起能量护盾，抵挡攻击，马小玲则召唤出式神，式神化作闪电冲向机械卫兵，瞬间打乱了它们的阵型。王逸一边施展魔法干扰卫兵的控制系统，一边寻找它们的能量中枢。