然而，好景不长，中国汽车市场进入高速迭代期。自主品牌崛起，以高性价比、丰富配置迅速抢占中低端市场；合资品牌竞争白热化，德系、日系、美系等不断推陈出新，产品更新周期缩短，技术优势愈发明显。东南三菱面临双重夹击，逐渐暴露出诸多问题。产品更新滞后，在竞争对手纷纷推出涡轮增压、智能互联车型时，东南三菱脚步迟缓，新车型研发周期拉长，导致市场份额被蚕食。品牌定位模糊，既想保留三菱运动操控基因，又试图迎合大众家用需求，摇摆不定让消费者认知混乱。此外，受三菱汽车在全球战略调整影响，技术投入相对减少，原本依赖的技术优势逐渐减弱，在市场洪流中陷入被动，销量下滑趋势明显，经营压力陡增。。由于市场表现不佳等原因，东南汽车出现了严重的亏损。2009年初，福汽累计亏损14亿元，这给东南三菱的发展带来了巨大的财务压力。
2009年，恰逢车企兼并重组大潮，福建省政府拉来了北汽、广汽和东风，希望为福汽找一个接盘侠重组。然而，由于各种原因，北汽和广汽未能与福汽达成实质性的重组协议，东风虽然曾与福汽谈到收购45%股权，但最终也因福建要求福汽保持自主权而未能成功。不过，福建省政府将一家盈利的公司划到福汽旗下，使福汽获得了一定的资金支持，缓解了东南三菱的部分财务压力。
2021年4月29日，东南（福建）汽车工业有限公司股权发生变更，原来持有其25％股份的日本三菱自动车工业株式会社退出，由新股东福州交通建设投资集团有限公司接手。股权变更后，福汽集团、华威股份有限公司、福州交通建设投资集团有限公司分别持有50%、25%、25%的股份，东南汽车的股权结构由中资、台资、日资变为中资+台资，中资股份占比达到75%，在公司内部占据绝对话语权。
东南汽车早期通过台湾中华汽车引进三菱汽车整车制造及相关技术，曾是中国市场上备受关注的品牌之一。2006年双方合作进一步加深，三菱汽车入股东南汽车，东南汽车借东南汽车自主和东南三菱双品牌格局取得了快速发展，2013 年东南汽车销量一度达到11.6万辆。但随着三菱汽车战略转变，2015年起停止轿车和性能车研发，加之东南汽车销量持续走低，品牌逐渐边缘化，双方合作基础发生变化。同时，三菱汽车对在东南汽车合资项目中25% 的持股比例不满，且2012年末广汽三菱成立，其股比构成简单，三菱汽车可获取更丰厚利润，与三菱汽车发力SUV产品的战略路线也更契合。多种因素综合作用下，最终导致三菱汽车退出东南汽车，东南三菱走向终结。
东南汽车在失去三菱的技术支持后，销量持续下滑，后续发展面临诸多挑战。2024年3月，东南汽车的实控方发生变更，工商注册变更实际控制人变成了奇瑞，东南汽车正式结束了 30 多年的历史，被奇瑞完全收入囊中。