在战斗过程中，苏然发现这些未知生物似乎受到一个神秘组织的操控。通过与未知生物的精神连接，他得知这个神秘组织企图利用星系团中的特殊能量，制造一种能够毁灭宇宙的超级武器。苏然深知事态的严重性，他决定深入调查这个神秘组织，阻止他们的阴谋。
苏然带领队伍沿着神秘组织留下的线索，深入星系团内部。他们穿越了重重危险，终于找到了神秘组织的基地。基地隐藏在一颗巨大的气态行星内部，周围布置了强大的防御系统。苏然运用混沌之力和和谐之力，试图破解防御系统，但防御系统异常坚固，他们的进攻遭到了顽强的抵抗。
在正面进攻受阻后，苏然决定派遣夜璃和几名精锐队员，潜入神秘组织的基地内部，从内部突破防御系统。夜璃等人凭借着敏捷的身手和高超的技能，成功避开了敌人的巡逻，进入了基地核心区域。他们在核心区域找到了防御系统的控制中枢，与守护中枢的敌人展开了激烈的战斗。
夜璃等人成功摧毁了防御系统的控制中枢，苏然带领队伍趁机攻入基地。在基地深处，他们发现了神秘组织正在制造的超级武器。苏然施展出混沌之力与和谐之力的最强一击，将超级武器彻底摧毁。神秘组织见阴谋败露，试图逃跑，但被苏然等人全部抓获。苏然成功阻止了神秘组织的阴谋，再次守护了宇宙的和平。他带着神秘组织的成员回到宇宙联盟总部，接受联盟的审判。