就在双方激战正酣时，一个神秘组织突然介入。他们驾驶着造型奇特的飞船，周身散发着诡异的能量波动，对修仙者和联盟舰队展开无差别攻击。
苏然试图与神秘组织沟通，却得不到任何回应。他只能一边指挥舰队抵御修仙者，一边应对神秘组织的袭击。神秘组织的武器十分奇特，能发射出一种腐蚀能量，接触到战舰护盾后，护盾能量迅速衰减。在腹背受敌的困境下，联盟舰队的形势愈发严峻。
苏然派出侦察飞船，全力探寻神秘组织的来历。经过一番追踪和调查，发现这个神秘组织竟是来自宇宙深处的“黯星教”，他们信仰一种被称为“黯星之力”的黑暗能量，企图利用这场战争，让“黯星之力”吞噬整个宇宙。
苏然意识到，必须尽快解决眼前的危机，同时想办法阻止“黯星教”的阴谋。他分析“黯星教”的攻击模式，发现他们的飞船能量核心似乎与“黯星之力”的连接存在延迟，只要把握好时机，就能给予其致命一击。
苏然制定了一个大胆的计划，他命令舰队佯装败退，将修仙者和“黯星教”引入一个预先布置好的能量陷阱区域。当三方势力都进入陷阱后，联盟舰队启动陷阱装置，释放出强大的能量乱流，干扰修仙者的法宝和“黯星教”的飞船能量系统。
趁此机会，苏然带领舰队精锐，集中火力攻击“黯星教”的旗舰。经过一番激烈交火，终于成功摧毁了旗舰的能量核心，“黯星教”的飞船纷纷失去动力，陷入混乱。修仙者见势不妙，也开始萌生退意。
在联盟舰队的猛烈攻击和能量陷阱的双重打击下，修仙者和“黯星教”损失惨重。修仙者无心恋战，开始撤退，“黯星教”也被迫逃离战场。
苏然望着逐渐远去的敌人，知道这场战斗只是暂时告一段落。虽然取得了阶段性胜利，但联盟舰队也遭受重创，亟待休整。他立刻组织人员对受损战舰进行抢修，同时总结战斗经验，为下一次战斗做好准备。
苏然在指挥中心复盘战斗时，突然感到脑海中一阵熟悉的波动。沉睡已久的混沌主宰系统再次上线，系统界面在他眼前浮现，散发着神秘的光芒。系统传来提示音：“宿主，宇宙危机加剧，混沌主宰系统觉醒，将为你提供更强大的力量和信息，助你守护宇宙……” 苏然看着系统界面，眼中闪过一丝惊喜，他知道，有了混沌主宰系统的助力，宇宙联盟对抗修仙者和其他威胁的底气更足了 。