就在快要接近平衡宝石时，一个神秘守护者突然出现。它是一个由纯粹能量构成的巨大人形生物，周身散发着强烈的光芒，能随意操控周围的时空能量。神秘守护者不允许舰队靠近平衡宝石，它发动攻击，制造出一道道时空裂缝，试图将飞船吞噬。队员们用能量护盾和武器抵抗，但神秘守护者的力量太过强大，护盾在攻击下岌岌可危。
危急时刻，苏然想起起源文明传承中关于与能量生物沟通的方法。他集中精神，利用与黑色晶体建立的精神链接，唤醒体内起源文明的力量，向神秘守护者传递和平的信号。经过一番艰难的精神交流，神秘守护者终于明白舰队的目的是为了拯救宇宙，它的态度逐渐缓和，同意让苏然等人靠近平衡宝石，但要求他们必须通过一场考验。
神秘守护者设置的考验是在一个模拟的微型宇宙里，调整各种能量的平衡。苏然和队员们进入模拟空间，这里存在着不同属性的能量球，一旦能量失衡，模拟宇宙就会崩溃。他们凭借对宇宙平衡的理解和智慧，小心翼翼地移动、融合能量球。过程中，不断有干扰因素出现，如突然爆发的能量风暴、神秘的能量黑洞，但他们相互配合，一次次化解危机，最终成功完成能量平衡调整。
完成考验后，神秘守护者信守承诺，引导苏然等人找到了第二颗平衡宝石。当苏然握住宝石的瞬间，一股温暖而强大的力量传遍全身，宝石与他体内起源文明的力量产生共鸣。带着这颗珍贵的平衡宝石，舰队离开了古老星系，继续踏上寻找第三颗平衡宝石的征程。宇宙的命运依旧悬于一线，他们清楚接下来的挑战只会更加艰巨，但每一次的成功都让他们的信念更加坚定。