但其实二人私下，还是有所分歧的。
平日修行，元始因为早已证道成圣，看透万物，无欲无求；而燃灯心中憋着一股劲也要成圣，所以一旦有新的法门，都愿意去尝试；
此次封神之战，之前三位教主早已经定好了封神榜，叫门下弟子自行处置，应劫而行就是了。最开始的默契，可都是圣人不出手的。即使是通天教主那边叫多宝道人摆下诛仙阵，毕竟也还只是叫弟子出手。可元始不但请了太上老君，还把西方教给招惹了过来。当初要请这二位的时候，燃灯可是极力反对的，须知请神容易送神难，西方教正是百废待兴之时，看到东方如此人才鼎盛，岂能坐视不管？师弟再不听话，好歹也是三教一家，最多请大师兄、甚至请师尊过来评理，断无请外人帮忙打自己师弟的道理。
可元始执意不听，为了与师弟争一时之短长，就算引狼入室也在所不辞。
于是，孔宣、乌云仙、定光仙等等一个个都随缘西去；
于是，多宝道人带同截教门人举教西迁；
于是，文殊、普贤、慈航三人西行学法.
如此说来，正是元始当初请西方教主过来帮忙破阵，才会落到如今这个地步。如今元始不但不反省自身，反而肆意迁怒他人，着实说不过去。
而元始之所以会这么做，归根结底还是他和师弟通天教主的修道理念不同所致。
通天教主认为万物皆有灵，主张有教无类，只要是开了灵智，一切生灵皆可听道，是以门下弟子众多；而元始向来看不起师弟的教导方式，说他门下是：“湿生卵化之辈，披毛带角之徒。”因此多次出言相讽。