击退神秘舰队后，人类与泽尔塔文明迎来了短暂的和平。但那场激烈的战斗，始终如阴霾般笼罩在双方心头。为了探寻神秘舰队的来历，避免未来再次遭受突然袭击，双方决定联合开展一项针对神秘舰队的调查行动。他们将目光聚焦于之前接收到的神秘信号，试图从信号源中找到线索。
在泽尔塔文明的科技核心区，一座庞大的信号解析中心拔地而起。这里汇聚了双方最顶尖的科学家和最先进的技术设备，人类科学家简和泽尔塔文明的首席研究员塔隆，共同负责此次艰巨的信号解析任务。巨大的量子计算机阵列全天候运转，对从神秘舰队出现区域收集到的海量信号数据进行深度分析和比对。
经过数周没日没夜的努力，解析工作终于取得了突破性进展。他们发现，这些神秘信号并非单一来源，而是由多个分散在不同星系的信号节点交叉传递、整合而成。其中一个信号源的指向，引起了众人的高度关注，它指向了一个位于银河系边缘的古老星系，那里被浓厚的星际尘埃所笼罩，此前从未被人类和泽尔塔文明深入探索过。
“这个星系很不寻常，如此复杂的信号网络以它为中心之一，必定隐藏着重要信息。”简在联合研讨会上说道，眉头紧锁，眼神中透露出一丝不安。
泽尔塔文明的长老们经过商议，决定派遣一支联合舰队前往该星系进行调查。舰队由人类和泽尔塔文明最先进的战舰组成，亚历克斯再次担任人类舰队的指挥官，与泽尔塔文明的舰队指挥官瑞亚并肩作战。出发前，伊森在地球通过远程通讯向亚历克斯郑重嘱托：“这一去充满未知，务必小心谨慎。我们需要真相，更需要你们平安归来。”
联合舰队在浩瀚宇宙中高速航行，经过漫长的星际跃迁，终于抵达了目标星系的边缘。当舰队小心翼翼地进入星系后，眼前的景象让所有人都感到震惊。整个星系弥漫着诡异的紫色雾气，这些雾气具有强烈的干扰性，使得舰队的传感器和通讯设备频繁出现故障。
“保持警惕，随时准备应对突发情况。”亚历克斯通过舰队通讯频道下达指令。
舰队继续深入星系，在一片巨大的星云中，他们发现了一些古老的太空建筑残骸。这些建筑的风格与人类和泽尔塔文明所见过的任何文明都截然不同，它们由一种散发着幽光的金属打造而成，表面刻满了神秘的符号和图案。
“这些符号看起来像是某种文字或标记，也许能从中找到关于神秘舰队的线索。”简带领着科研小组，乘坐小型登陆艇降落在其中一座较大的残骸上。
他们利用携带的便携式分析设备，对这些符号进行扫描和解读。经过一番艰苦的努力，他们成功破解了部分符号的含义。这些符号记录了一个古老文明的兴衰史，这个文明被称为“埃索伦文明”，曾经在这片星系中无比辉煌，掌握着超越时代的科技。然而，一场突如其来的灾难降临，使得埃索伦文明走向了毁灭。