联合舰队与神秘文明达成合作后，迅速投入到防御体系的建设与完善中。艾丽和林恩将舰队的资源与人力毫无保留地投入到各项任务里，神秘文明也倾囊相授他们先进的技术与知识，双方的交流合作紧密而高效。
在人造网络的外层防线，工程师们共同设计并建造了多层能量护盾发生器。这些发生器采用了量子弦与神秘文明独有的能量交织技术，能够产生高强度且韧性十足的护盾，足以抵御大规模的能量冲击。同时，在护盾之间还布置了能量扰乱场，任何试图强行突破的能量都会在其中被扰乱、消散。
联合舰队的科学家们与神秘文明的科研团队共同研究黑暗力量的特性与可能的攻击模式。他们通过对捕获到的微量黑暗能量样本进行分析，发现黑暗力量以一种特殊的量子纠缠态传播，能够绕过常规的防御机制。基于这一发现，他们研发出了“量子纠缠阻断器”，安装在关键防御节点上，专门针对黑暗力量的传播方式进行干扰。
在人造网络内部，为了增强整体的防御能力，他们还增设了大量的自动化武器系统。这些武器系统由先进的人工智能控制，能够在瞬间对来袭目标做出反应。神秘文明提供了其独特的生物识别技术，与舰队的智能系统相结合，确保武器系统只对黑暗力量相关的目标发动攻击，避免误判。
而在巨型建筑的核心区域，技术人员们对那台散发着幽蓝光芒的巨型设备进行升级改造。这台设备原本是神秘文明用来感知和引导宇宙能量的中枢，如今在双方的共同努力下，其功能得到极大拓展。它不仅能够更精准地监测黑暗力量的动向，还能协调整个防御体系的能量分配，实现全方位、多层次的防御协同。
在这个过程中，艾丽和林恩不断往返于舰队与神秘文明的各个工作区域，协调各方资源，解决各种难题。他们的领导能力和团队协作精神赢得了双方人员的一致赞誉。