原潞安知府刘良佐为江苏巡抚，驻南京。
原开封知府张瑃为湖北巡抚，驻武昌。
原徐州知州王琦为江西巡抚，驻九江。
原洛阳知府宋献策为安徽巡抚，驻合肥。
原汝宁知府李真为直辖汝宁府尹，驻汝阳。
随同此任命下达的还有各省"；四司"；使的任命。
周云在参赞院下设的原六部之外，恢复前明的大理寺，通政史司等衙门，直属夏王府管理。
同时，周云除了在参赞院民政方面的改革，在军队方面，也作了很大的调整。
在军机院中设五名军机副使，除了院使由周云亲自兼任外，李岩与孙明远兼任副院使，另三名副使分别为北柱将军府主将田见秀和上柱将军府主将吴初和副使黄得功。
军机，下设军参署，军政署，军令署，军需署和六柱将军府。
军参署负责作战计划制定和作战调动指挥。
军政署负责军队行政，军队编制，鼓动宣传，军民关系协调，军队纪律，军事监察和军事审理。
军令署负责军令的传递，军事情报收集，敌后行动，军用文书印鉴的管理。
军需署负责后勤粮草，兵械，车马等物资供应和医护卫生，交通运输，以及营帐路桥的搭建等。
而军机院与六部中兵部的职能有所不同。
兵部职能主要为征兵，教育，军工的研发生产，军地动员，巡检司的管理培训，与军机院职事权责相互补充。
军参署设左右署令，由原大顺降军将领李过担任左署令，右署令为北柱将军府副将杨彪。
军政署左署令为西柱将军府主将左梦庚，右署令为东柱将军府副将杨亮。
军令署左署令为暗影司使方云海，右署令为内卫司使侯贵。
军需署左署令为东柱军将军府副将刘芳亮，右署令为中柱将军府副将杨鼎勋。
由于军机院的设立，人员变动较大，随之周云对六柱将军府也进行了调整。
北柱将军府由郭绍任都督，副将惠登相，李过养子李来亨，王奇。
南柱将军府维持人员不变。
西柱将军府由金声桓任都督，副将罗洪，郝摇旗，吴景明。
东柱将军府由高一功任都督，副将马进忠，刘体纯，程铁牛。
中柱将军府由王石虎任都督，副将党守素，卢鼎，秦文君。
上柱将军府由岳明轩任都督，副将岳镇邦，卢光祖，于大忠。