在陆路上率领军队赶往建康的王恭大军，深夜受到北府军竺朗之、何无忌部的突袭。
王恭部全线溃败，土崩瓦解。
王恭单人单骑逃回广陵，又被东莞太守高雅之关闭了城门，他再逃往曲阿（今江苏镇江市丹阳市）。
恰遇曲阿人殷确，是王恭的老部下，用船载着王恭打算投奔桓玄。
在长塘湖（今江苏溧阳市东北、金坛市南之长荡湖）被人告发，遭朝廷军队逮捕。
司马元显得知王恭被擒，怕再生意外，火速派人前往拦截，在倪塘（今江苏南京市江宁区附近）遇到押着王恭来建康的部队，下令将王恭就地斩首。
是夜，行刑前，王恭从容不迫地梳理着自己的头发和胡须，神色平静如常。
他对司马元显派来监督施刑的官员道：“我自己的昏庸在于轻率地相信别人，才到了今天这个地步。不过追究本意，我哪里是不忠于朝廷啊！但愿百代以后的人们能知道有过我王恭这个人。”
他和他的两个儿子以及其他被俘部将全部被处死。
头颅被挂在倪塘堡垒墙上示众。
王恭死后，紧接着朝廷的任命诏书来到刘牢之军中，刘牢之全盘接任了王恭的所有职务，但诏书后面还有一句话就是要求他率北府军驰援建康，进攻荆州军。
所以，桓玄、杨佺期率荆州军正在围攻石头城时，被突如其来的“友军”被打得大败，退往蔡洲。
朝廷军和荆州军在建康西南对峙起来。
司马元显成功地击退了三路叛军的两路，登上了石头城，向西望去，只见长江两岸漫山遍野全是荆州军，充斥京畿，声势浩大。
他不禁冷汗叠冒，腿肚子发抖，暗暗心生惊惧之感。
这该如何是好，怎么才能击退荆州军呢？
于是又转动起他那颗灵活的脑袋瓜子，细细分析起来，眼前的这帮荆州军名义上是殷仲堪统帅的人马，实际是由三个不同部分组成的。
一，王恭的国子学铁哥们殷仲堪。
二，当年权臣桓温的儿子桓玄，因朝廷忌惮桓家势力再次崛起，多年来没给桓玄任何官职做，他只承袭了桓温的南郡公爵位，属于荆州当地豪强地头蛇。