张献忠的大西军将领，被他一批批调回南京应天府，参加人民军的思想教育培训班，每调回一个地区的将领，人民军就进驻这个地区，接管防务，甄别审判大西军的官兵，参与屠城的处决，杀人抢劫的处决，强奸妇女的处决，强占百姓财产的判刑流放，财产退回百姓，甄别后的大西军，判刑流放的该送走的送走，全部都去美洲流放。其他考核不合格的全部去思想教育培训，然后分地或者工作培训，考核通过的进入新兵训练营，接受几个月人民军地狱般的新兵训练，考核通过才能进入战术训练，之后会分配到各个战区。
大西军的杀戮很重，需要审判的人数很多，张献忠也是不得已才这么做，不然这些匪性难改的流贼还真有可能重新造反！接受培训的将领来到了应天后就别想走了，经过甄别没有犯罪的，留下继续学习，有人命的全部处决，剩下有罪的全部流放南疆。
去年十月人民军先是进入福建南部，三个月后是福州地区，崇祯七年三月福建全境被接收，同时贺一龙部从赣南向北接收江西南昌地区的州府，孙传庭的汉阳部队接收九江地区。
此时驻守浙江和江西交界处的原摇天动部三万多人复反，原因就是听说了福建北部的大西军被整编时，处决了很多屠城凶手，而摇天动虽然已经死了，但是他的部下绝大多数都是穷凶极恶的匪寇，杀人放火，奸淫掳掠，没有他们不干的，只有他们不想放过的！人民军福建部队三个旅迅速出击，将摇天动部包围在了浙江天目山地区，然后分兵进剿，一片一片清理，一个山头一个山头的剿灭，到五月初三，摇天动部三万多人全部被击毙，没有一个活口！这下极大的震慑了其余的大西军，再也没有发生大规模叛乱。
五月初，台湾警备区人民军进驻松江、杭州，苏北人民军南渡长江，进驻苏州、无锡、常州地区。七月初人民军进驻浙江全境，剿除土匪山贼也同时进行。而孙传庭指挥的襄阳战区部队于七月底进驻皖南。
九月十五日，苏南全境被收复，而孙传庭率部进驻应天府，南京收复！