导致雷影当场死亡，之后扉间带领部下突出重围，金角银角乘胜追击，为了保存木叶的幼苗，扉间决定留下断后。不过，即便是在这种危急关头，心思缜密的扉间仍为选择正确的继承人而暗中考验着部下，最后团藏因胆怯而迟疑，而猿飞日斩表现出能为了村子舍弃性命的决心，据此，扉间将「火影之位」托付给了日斩。
之后第二代火影扉间独自一人抵挡能够自如操纵六道仙人的五大忍具、力量凌驾于五影之上、拥有九尾查克拉的金角银角。经过一场大战后，第二代火影扉间为给部下争取逃脱时间力竭而牺牲。
在天地桥任务中，他安插佐井进入第七班执行秘密任务。他让佐井假投降到大蛇丸一边以方便行动。佐井是受了团藏的秘密任务和大蛇丸秘密接头背叛木叶，但是后来才知道他受团藏的命令要杀死将做为大蛇丸新的身体的佐助，消除木叶的隐患的。他本没有名字，由于这次任务和佐助有关，所以取名“佐井” 。任务失败后，在得知佐井并没有按照他的命令行事，他说：“感情带来仇恨，仇恨导致战争。”
另外，带土和佐助提过，宇智波鼬是受团藏的命令灭族后加入“晓”的。意图夺取“木叶火影”之位与敌国忍者组织勾结，出卖木叶情报换取支持，曾将木叶暗部人员情报出卖于大蛇丸。奈良鹿久由于雷影和五代火影前去阻挡鸣人和比去往前线，临走前雷影命鹿久接管指挥忍者联军总部的工作，鹿久临危受命，接受了任务。
446话中在长门的回忆中表明团藏与半藏一起逼死弥彦！
450话中趁五代火影昏迷和木叶动乱之际在内阁会议上以一番慷慨激昂的言论，一度被火之国大名任命为第六代火影。但是，这一决定并没有在村内高层的投票中被表决，而且火之国大名的决定疑似受到团藏的幻术干扰。因此，团藏的火影之路仍旧存在坎坷。
漫画最新发展表明，团藏的火影之职已被木叶村明确除名，故而团藏只算是临时的代理火影。火影之职仍由第五代火影纲手担任。另外，从木叶村的火影颜壁雕刻来看，也没有第六代火影的颜壁相，理应是还没产生正式的第六代火影。