甲板上的对话抵达机库的晚上，阿尼独自坐在机库外。当三笠让她去和莱纳练习一下新型立体机动装置时，阿尼再次对三笠表示自己会退出救世小队，阿尼表示对拯救人类这种事实在不懂，并对为了拯救她的故乡而赌上一切的救世小队感到抱歉，只希望最后的时间能安稳度过。阿尼在说话时不自觉的看向了在机库里工作的阿明，被敏锐的三笠立刻察觉，注意到自己偷看被发现的阿尼害羞的低下了头。
看到这一幕的三笠吃惊的说不出话来，问阿尼：“从什么时候?”阿尼反问道：“什么？”三笠又说：“没什么，我知道了。”阿尼听到了更加害羞和不耐烦的问：“知道什么？”但三笠接下来却说：“你不必再增加痛苦的回忆了，不过阿明会和我们一起上飞艇去找艾伦。”
阿尼听到了后表情变得失落，问三笠：“然后呢？你打算怎么做?为了人类杀掉艾伦吗？”三笠答道：“我不会这么做，我只是要把艾伦带回来。”阿尼还注意到三笠没有戴围巾，于是问了下围巾的下落，三笠说：“我有带着，只是现在没围上。”
被三笠发现对阿明的情愫第二天，阿尼在机库外向莱纳、皮克告别，阿尼对只有自己当了逃兵感到过意不去，皮克安慰说阿尼从未真正效忠过马莱，不必为此介怀。莱纳也为当年强行让阿尼和贝尔托特破坏墙壁的事向阿尼道歉，阿尼坦言说不知道多少次想杀了莱纳，莱纳苦笑道:“亏你忍了这么久。”
二人做了一个别扭的“拥抱”，莱纳拜托阿尼照顾好贾碧和法尔科，之后阿尼离开机库登上轮船，阿尼在离开时也对阿明等调查兵团众人挥手告别。随后“地鸣”抵达机库，阿尼在“地鸣”摧毁机库之前与清美、贾碧、法尔科等人乘船逃离。
离别返回战场在坐轮船前往日出国的路上，阿尼在甲板上与清美交谈，当听到清美说:“为什么我在失去之前都没能察觉呢?不是去计算利害得失，而是去单纯的尊重他人的想法......”时，阿尼陷入了回忆，想到了父亲、战士队、104期和阿明挥手向她告别的场景，内心痛苦的说:“不过，已经太迟了。”
正当阿尼惆怅之时，贾碧和法尔科说法尔科做了一个在空中飞翔的梦，而且法尔科相信因喝了吉克脊髓液继承了颚之巨人的自己能够做到，并表示他们将前往战场。阿尼对此感到不可思议，激动的说：如果法尔科这里变身会导致轮船沉没，大家都会因此而死，“已经失去的东西是回不来的，已经太迟了!”一旁的清美表示船沉了也没有关系，“与其，再让后悔增加的话。”阿尼听到后陷入了沉默中......
回想过去，内心痛苦此时，三笠、柯尼、让、利威尔、莱纳、皮克与始祖尤米尔召唤出的历代九大巨人激战，很快救世小队便陷入了危机。正当他们处于绝境中时，阿尼和贾碧乘坐法尔科的巨人飞到了战场并救下了他们，众人看到阿尼到来都十分激动，阿尼淡淡的说道：“我也没有想到巨人真的能飞，不过既然会飞，那我只好来了......不过，幸好我来了。”