兄弟为了寻找神秘的贤者之石而展开旅程。哥哥爱德华15岁,是有史以来最年少得到国家錬金术师的资格的天才的錬金术师；弟弟阿尔丰斯虽然拥有威武的铠甲姿态,但却是位善良的14岁少年。
二人来到东部边境市镇里奥尔,在那里,他们目睹了称为太阳神雷特代理人的柯奈罗主教的奇迹之业
艾尔林克兄弟与....主教在雷特教会的秘密地下室为争夺贤者之石而决战，但就在这时候,听说主教有危险而前来的雷特信徒来到闯入干扰，艾尔林克兄弟逃到镇上,被深信柯奈罗的村民发现包围，被奇迹之技而唤醒的雷特神像打倒阿尔丰斯,爱德华被捕后再被带到柯奈罗面前
在旅途中经过的街角古书店里,爱德华和阿尔丰斯找到了錬金术的入门书，想起了以前用这书学习錬金术的时候,那时两个人还很小的时候,一起在利赞布鲁村生活的岁月，他们为了想看见妈妈的笑脸,为了这心情,竞争着修练錬金术...
艾尔林克兄弟为了成为国家錬金术,离开出生的故乡利赞布鲁展开旅程,在途中听说了有关錬金术师玛吉哈尔的传言，于是决定前往他所居住的村子，可是那村子却流传着死人接连出现袭击村民的谣言....
为了成为国家錬金术师,爱德华和阿尔丰斯向着中央进发，但在快要抵达时,却收到洛伊.马斯坦中佐的报告电话,突然命令他们坐上接着的列车，原来这列车上戴着与家人旅行中的哈克罗将军...
国家錬金术师资格试临近,在马斯·灰兹介绍下,爱德华和阿尔丰斯寄居于第一位成功做出生体錬成的"缀命之錬金术师"肖·塔卡家里，二人得到肖·塔卡和他的女儿尼娜以及他们的爱犬亚历山大的鼓励每天努力学习，接着到了考试当日,爱德华和阿尔丰斯挑战这次的国家錬金术师资格试...
爱德华12岁就成功通过了国家錬金术师资格试,成为有史以来最年少的錬金术师,并从马斯·灰兹那里收到象征着国家錬金术师的银色怀表，这除了象征着得到特权外,还意味着他正式成为军部的一员
在肖·塔卡的家举行了一个派对尼娜和亚历山大都玩得非常开心,可是,肖·塔卡却在为迫在眉睫的查定日而感到苦恼,走投无路...
爱德华因为自己未能拯救尼娜而后悔万分,痛恨自己的无能，洛伊.马斯坦中佐命令爱德华分析肖·塔卡留下来的研究成果，爱德华违反了这冷酷无情的命令,自己一人开始追查杀害尼娜的凶手...
感觉到自己的渺小和无能,为了达成自己的目的,爱德华决定成为『军队的走狗』国家錬金术师，就在这时候,爱德华收到洛伊.马斯坦中佐的第一个命令...