针对这些可能性，参谋部相应的制定了应对计划。粗略的看过这些计划，再听着陈继平的讲解，苏圣平大体对即将到来的战争心中有数。但现在问题的关键是国民军是否要赌一把，和海盗死磕，试图将盘踞在宝岛的海盗一举歼灭。
让其他参谋都下去后，苏圣平和陈继平两人留在参谋部议事房内，抿着嘴在那思考。从感情上来说，是应该尽全力歼灭海盗，或者说要把海盗赶出宝岛，以便对宝岛进行全面开发。但从实际出发，如今占据宝岛全岛的条件还不成熟，勉强赶走海盗后，还没有足够的人力的和经验形成对宝岛的统治。再者从大略上来讲，其实还需要海盗的存在。
苏圣平权衡了一会，心想还是那句话，为了大的目标，只能让沿海百姓再受苦一段时间，不出两年，自己定当给他们报仇雪恨。把心里的话跟陈继平一说，对方明显松了口气，估计他也认为现在全歼宝岛海盗条件还不成熟，这一次能够痛击海盗，不让他们继续壮大，同时还能练兵，目的也就达到了。等条件成熟后，再全力歼灭海盗。
得到苏圣平认可之后，参谋部、思训部、后勤装备部以及府城那边的物流行全力运转，以海盗攻击莆田府城为目标，兼顾攻击福州城这种可能，做着准备工作。
庞大的物资此前已经运转到内陆的县城，随时准备支援登陆的国民军。宝岛这边主要是军备，甲胄还好，相信这种烈度的战争，对甲胄的破坏不大。关键还是手弩的箭簇、行军的装备等等。
按照参谋部的计划，驻扎在崇武的一营仍然不动，林疯子的十二营也不动，随时防备海盗突袭泉州。另外，九、十、十一三个营也不参战，留在新城镇防守，并用于后备力量。
十月十八日，二营、三营、四营秘密前往南县沿海，一旦证实海盗的目标是莆田府城，就随时准备登陆作战。
而五营、六营、七营则是提前一天出发，伪装成叶华雄运货的船队前往福州府城北面，一旦证实海盗袭击福州，择机选择登陆地点，袭击海盗。
苏圣平本人则是带领八营和补给船队，随时增援两处。南边的统领由苏圣平亲自负责，北线的统领则是陈继平。王世云、周大新、铁锤和民政部诸人留守新城镇，负责协调预备队负责后勤补给和军情传递等任务。