除此之外，亦有一些地方的监察机关因为各种现实阻力对相关监察对象选择性立案或该立案不立案。现有立法并未授予检察机关对监察机关进行立案监督的权力，但在权力本质并无太大差别的情况下，既然刑事立案监督权力属于检察机关，在没有的更优选择情况下，监察立案监督权力自然也理应属于检察机关。
建议相关立法增设检察机关在发现监察机关不宜立案、不立案或者拖延立案，发出纠正通知书但仍然没有立案的情况下，就可以直接立案侦查的规定，通过发挥机动侦查“调查的再侦查”的优势，强化检察机关对监察立案的监督。
三是落实补充侦查对监察调查的监督制约作用。在监察调查结束后，检察机关在审查起诉环节具备充分的审查权，具体表现为不起诉和补充侦查（包括退回补充调查和自行补充侦查）。
与一般刑事案件中退回补充侦查和自行补充侦查的任择式立法选择不同，监检衔接的过程中职务犯罪案件以应当退回补充调查为优先选择，但这并不意味着自行补充侦查应被理所应当地视为一种备而不用的权力。
困难之处还在于，在当前法律规定下检察机关认为需要退回补充调查的,应报上级人民检察院批准,上级人民检察院作出决定前,还应当与监察委员会进行沟通协商,这实际上赋予了监察机关对退回补充调查的参与决定权，严重掣肘了检察机关的监督效能。
在制约监察机关，保障被调查人合法权利方面，检察机关自行补充侦查有着天然的优越性。检察机关为了使案件符合庭审证据标准和要求，排除非法证据的决心较高。
实践中，让监察委补充罪轻尤其是无罪证据是殊为不易的。在监察委拒绝或者怠于补充调查时，检察机关在自行补充侦查活动中除对非法证据依法进行排除外，还可以补充无罪或者罪轻证据，从而保障被调查人的合法权益。