李九成利用士兵的不满情绪，说服孔有德一同反叛。孔有德与耿仲明内外呼应，攻占了登州。在兵变过程中，孔有德自封为都元帅，展现了他意图掌控局面的决心。值得注意的是，孙元化忠于朝廷，不愿参与叛乱，孔有德因此放走了孙元化，显示出其在特定情境下的某种道德考量。
吴桥兵变的发生，不仅反映了明军内部的严重裂痕，还揭示了地方官员与中央政府之间的信任危机。孔有德的行动，虽出于对毛文龙被杀的不满和对士兵困境的同情，但也开启了他与明朝决裂的道路。
三、登莱之乱
崇祯五年（1632年），孔有德与耿仲明领导的叛军在吴桥兵变后进一步扩大了他们的势力范围。正月间，孔有德挥师东进，目标直指登州。登州守将孙元化，曾是孔有德的上级，对孔有德抱有招抚的幻想，因此未能及时加强城防。孔有德利用这一点，派遣300名士兵诈降，混入登州城内，与城内的耿仲明里应外合，于夜深人静之际突然发难，迅速控制了登州，俘虏了孙元化以及宋光兰、王梅等多名官员。总兵张可大誓死守城，最终在水城失陷后，选择杀死自己的妻妾以免落入敌手，随后自尽于太平楼，以身殉国。
孙元化虽被俘，但不久逃脱，返回天津，最终还是因叛乱之责而被明廷处死。孔有德的叛军继续扩大战果，黄县也很快落入其手中。面对这一危局，明廷紧急调遣谢琏为副都御使巡抚登莱，同时提拔徐从治为山东巡抚，负责驻守莱州，以阻止叛军的西进。
二月，孔有德的部队开始围攻莱州，徐从治与谢琏组织莱州军民拼死抵抗，同时向朝廷求援。然而，自北京南下的援军总兵刘同柱到达山东后，却因畏惧叛军实力，不敢前进解莱州之围。此时，朝中出现了主抚派的声音，以大学士周延儒为首，主张招抚孔有德，张国臣等官员甚至愿意亲自出面进行招抚。这种犹豫和分歧，无疑给叛军提供了喘息之机，孔有德趁机广纳旧部，连同驻守皮岛的明将陈友德等三千人也加入了叛军，增强了叛军的实力。
面对叛军的攻势，莱州城内的守军在徐从治、谢琏以及知府朱万年的带领下，备足粮草，加固城防，坚守数月。尽管城中资源几近耗尽，但他们拒绝开城投降。明军援兵邓圮、王洪虽已抵达莱州附近，却因朝廷招抚的政策而驻足不前，希望孔有德能够归顺。孔有德利用这一机会，加大了对莱州的攻击力度。巡抚徐从治在城楼上指挥作战时不幸中炮身亡，但他的牺牲进一步激发了莱州军民的斗志，他们誓死守城，即便在极度困难的情况下，也未放弃抵抗，展现出了极强的韧性和忠贞。