与此同时，朝廷还命令左良玉接受樊尚瞡的节制，与陕西的将领曹文诏协同作战。曹文诏此时正率领陕西的军队在该地区镇压农民军。两支军队的任务是共同对付农民军，一旦任何一方遇到危急情况，另一方应立即提供援助。具体来说，如果陕西方向出现危机，则陕西的兵力会向东移动，而河南的兵力则向西支援，左良玉的军队则从中间进行截击，形成三面夹击之势。
三、征战中原
崇祯六年（1633年）正月，农民军继续扩大其活动范围，进攻隰州并攻占了阳城。左良玉率军在涉县的西陂与农民军交战，取得了一定的胜利。然而，在二月份的武安之战中，左良玉的军队遭受了重创，河南巡抚尚瞡因此被罢免，由太常少卿元默接替其职位。
三月，农民军再次侵入河内，左良玉从辉县出发，追击农民军至修武。农民军在此地击败了明军，杀死了游击将领越效忠，并追赶参将陶希谦，陶希谦在战斗中落马身亡。左良玉随后在万善驿与农民军交战，最终在柳树口附近大败农民军，俘获了数位农民军首领。农民军随后向西撤退。
河南的明军兵力仅有七千人，经过与农民军的多次交战，已伤亡惨重。左良玉率领的昌平军仅有两千多人，尽管在与农民军的战斗中取得了一些胜利，但其兵力相对于农民军而言显得十分薄弱。为了增强左良玉的力量，朝廷命令刚刚在莱州立功的总兵邓玘率领川军，并加上四川石砫土司马凤仪的兵力前来支援左良玉。不幸的是，不久之后，马凤仪在侯家庄遭遇农民军，孤军奋战的结果是全军覆没。
这一时期，农民军的势力已经极为强大，其活动范围覆盖了三晋、京城周边以及黄河以北的广大区域。多位将领如曹文诏、李卑、艾万年、汤九州、邓玘、左良玉等先后与农民军交战，战果互有胜负。左良玉和邓玘主要负责河南的战事，在官村、沁河、清化、万善等地多次击败农民军。左良玉还在武安八德地方设防，杀敌众多。
此时，崇祯帝朱由检任命倪宠和王朴为总兵，率领六千京营兵力赴河南，派宦官杨进朝、卢九德督军，并另派宦官监督左良玉等将领的军队。对此，职方郎中李继贞表示担忧，指出左良玉和李卑身经百战，地位却低于倪宠和王朴，可能会打击他们的士气。因此，朝廷任命左良玉和李卑为都督佥事，担任援剿总兵官，地位与倪宠、王朴相当。京营军队的到来增强了明军的实力，联合攻击农民军，取得了多次胜利。左良玉在济源、河内等地击败农民军，又在永宁、青山岭、银洞沟等地获胜，并从叶县一路追击到小武当山，斩杀了大量农民军。