顺治元年（1644年），爱新觉罗·博洛跟随睿亲王多尔衮率领的大军入关，参与了对李自成农民军的决战。在这一年的十月，由于他在战争中的突出表现，博洛被晋封为贝勒。紧接着，他随同多铎继续征战河南，大破李自成的残部于潼关，并攻占了西安。在此期间，多铎分配了一半的兵力给博洛，让他负责招抚常州和苏州等地。随后，博洛与镇国将军拜音图等人直取杭州，明军抵抗的部队都被击败，他们在夜晚渡过钱塘江逃逸。清军追至江岸驻营，明军误以为潮水将至，担心营地会被淹没，但实际上潮水几天都没有到来，这使得明军士兵十分震惊，认为这是天意相助。
顺治二年（1645年），博洛迎来了新的胜利。明潞王朱常淓率杭州官员和属下开门投降，浙江西部的湖州、嘉兴以及东部的绍兴、宁波、严州等地相继归降。不久之后，淮王朱常清也从绍兴渡江前来投降。博洛继续率军攻克嘉兴，并在吴江地区取得了重大胜利，大破明将吴易的军队，攻占了江阴。因为这些成就，博洛获得了丰厚的赏赐，包括金二百两、银一万五千两以及一套鞍马。
顺治三年（1646年），博洛被任命为征南大将军，与固山额真、一等公图赖共同率领大军南下，目标是进攻福建。五月，博洛到达杭州。此时，南明鲁王朱以海在绍兴自称监国，他的旧将方国安等人在钱塘江东岸扎营，形成了一道长达二百里的防线。博洛派遣护军统领图赖等人从上游渡江，分兵攻击明军。当部队到达江边时，没有船只可供使用。然而，江水突然上涨，水位变浅，清军得以骑马直接渡过江面，明军对此大感惊讶。博洛随即派遣贝子屯齐等人继续推进，方国安放弃战舰逃跑，朱以海逃往台州。清军斩杀了大量明军，并擒获了总兵武景科等人，随后平定了绍兴。
六月，博洛的部队围攻金华。到了七月，金华被攻克，明蜀王朱盛浓等人被斩杀。接着，清军攻克了衢州，至此，整个浙江省被完全平定。
南明唐王朱聿键占据福建，面对这一情况，清军采取了常山和江山两路并进的战略。图赖等人在仙霞关击败了南明大学士黄鸣俊的军队，随后攻破了浦城。前锋统领努山等人擒获并斩杀了总督杨廷清和李暄。此外，清军还分遣署护军统领杜尔德、前锋统领拜音岱等人攻克了建宁和延平府。朱聿键事先从延平府逃往汀州，博洛随即派遣护军统领阿济格、尼堪、杜尔德等人攻克汀州，成功擒获并斩杀了朱聿键以及曲阳王朱盛渡、西河王朱盛洤、松滋王朱演汉、西城王朱通简等明朝宗室和官员。南明将领姜正希率领二万军队前来增援，但夜间袭击汀州时被清军击败，损失惨重。清军又派遣镇国将军汉岱等人在分水关击败了明将师福，攻克了崇安县，并斩杀了总督杨文忠等人。随后，清军派遣副都统卓布泰等人袭击并攻克了福州，取得了二十多次胜利。最终，南明国公郑芝龙等二百九十余人以及十一万多士兵投降，福建得以平定。
同年十一月，博洛驻扎在福州，命令总兵佟养甲继续进军广东。当时，朱聿键的弟弟朱聿鐭据守在广州府，并建立了绍武政权。佟养甲攻克了潮州和惠州后，逼近广州，成功攻占了该城，斩杀了朱聿鐭以及多位明朝宗室成员，广东也被平定。