同年秋天，钱谦益上京等候任命。顺治三年（1646年）正月，清廷任命他为礼部右侍郎，兼任管秘书院事，并担任修撰《明史》的副总裁。这意味着钱谦益不仅获得了清廷的信任，还在文化领域扮演着重要的角色。
值得注意的是，在钱谦益北上赴任期间，柳如是留在了南京。这一安排可能是出于个人安全的考虑，也有可能是柳如是不愿离开故土。
钱谦益的选择在当时引起了极大的争议。一些人认为他的行为是对旧朝的背叛，但也有人同情他的处境。与此同时，与钱谦益关系密切的一些官员，如河南巡抚越其杰（马士英妹夫）和河南参政兵巡道袁枢（兵部尚书袁可立之子），则选择了誓死不降清朝，最终绝食而亡。
三、辞官归乡
清顺治三年（1646年）六月，钱谦益以身体不适为由请求辞官归乡。清廷同意了他的请求，但命令当地的巡抚和巡按随时监视并向上汇报他的动向。钱谦益携带着柳如是返回了南京，之后他们又回到了常熟。
顺治四年（1647年），钱谦益突然被逮捕，并被押解到北京，关押在刑部的大牢之中。柳如是得知消息后，不顾自己的病痛，毅然跟随钱谦益前往北京，并积极奔走，为丈夫的释放四处求助。她甚至上书陈情，表示愿意代替钱谦益受罚，或者与他一同赴死。
顺治五年（1648年）四月，钱谦益再次因为与黄毓祺案有关联而被囚禁在南京的监狱中。这次被捕的原因是黄毓祺案的牵连。黄毓祺是反清复明的志士，而钱谦益被认为与黄毓祺有所联系，因此遭到了清廷的调查和惩罚。柳如是一如既往地为钱谦益奔走营救，她利用自己的人脉和社会影响力，多方斡旋，最终使钱谦益得以幸免于难。
钱谦益获释后，对柳如是的全力救助深感感激，为此写下诗句：“恸哭临江无孝子，从行赴难有贤妻”。这句话表达了他对柳如是在困难时刻给予的支持和鼓励的感激之情。
出狱后的钱谦益被限制居住在苏州，并寄寓在拙政园。这段时间里，他虽然失去了自由，但依然保持着文学创作的热情。钱谦益在这一时期的生活充满了挑战，但他凭借着柳如是的坚定支持和自己的文学才华，度过了这些艰难的日子。