一、早年从军
耿仲明的早年经历颇具传奇色彩，他在后金兴起之初便投降了后金，并在那里担任了千总一职。不过，耿仲明并未久留于此，而是率领辽民投奔了明朝的皮岛，加入了总兵毛文龙的麾下。毛文龙非常赏识耿仲明，不仅收他为养孙，还赐名为“有杰”，并让他掌管军中的财务及贸易事务。耿仲明身材魁梧，皮肤黝黑，但手掌却异常白皙，这让他在军中显得格外与众不同。他以勇猛善战着称，同时为人豪爽且机智狡猾，深受毛文龙的信任和倚重。
然而，毛文龙的命运在崇祯二年（1629年）发生了转折，他被督师蓟辽的袁崇焕所杀。毛文龙死后，耿仲明对新任总兵陈继盛并不服气，于是选择离开皮岛，转投登莱巡抚孙元化帐下。在孙元化的麾下，耿仲明与孔有德共事，两人关系密切，孙元化任命耿仲明为中军参将。
到了崇祯四年（1631年），皮岛上发生了一件大事。当时总兵黄龙镇守皮岛，他的部将李梅私下勾结外敌，从事走私活动。事情败露后，黄龙将李梅逮捕入狱。耿仲明的弟弟耿仲裕也在皮岛上任职都司，他借着为士兵们讨要军饷的机会，带领手下士兵包围了黄龙的衙门。耿仲裕强迫黄龙交出李梅，并对其进行了残酷的虐待，打断了他的腿，割掉了耳朵和鼻子，企图置黄龙于死地，幸亏其他将领及时阻止，才没有酿成更大的悲剧。
不久后，黄龙在另一位将领尚可喜的帮助下重新夺回了权力，并下令抓捕了耿仲裕。随后，黄龙上书朝廷，请求追究耿仲明的责任。与此同时，孙元化也向朝廷呈上了奏折，控诉黄龙贪污军饷，指责正是黄龙的贪腐才导致了此次兵变的发生。此事引起了崇祯皇帝的关注，他派遣使者前来调查此事，试图查明真相。
后来，明朝大臣杨嗣昌对此事发表了自己的看法，他认为这起事件实际上是孙元化与黄龙之间权力斗争的结果。整个事件不仅揭示了明朝末年地方官员间的矛盾和腐败现象，同时也暴露了中央政府对地方控制力的削弱。耿仲明及其弟弟耿仲裕的行为，虽然出于个人恩怨，但也反映了当时军中普遍存在的混乱状态。
二、作乱登州
崇祯四年（1631年）的冬天，孔有德等将领奉命出兵抵御后金，但在行军途中却发生了吴桥兵变。孔有德率领军队返回山东，意图攻打登州。起初，孔有德希望能够得到明朝政府的安抚，孙元化作为登莱巡抚，主张采取安抚政策，命令耿仲明前往城外的教场进行安抚工作。