面对耿精忠的挑战，清廷迅速做出了反应。1674年，朝廷任命康亲王杰书为奉命大将军，率领大军南下浙江。经过一系列战斗，清军逐步稳住了阵脚，并在1675年成功收复了浙江处州等地。
三、势穷投降
随着“三藩”之间的矛盾日益加深，以及与台湾郑经反清势力之间的猜忌，耿精忠的势力逐渐陷入困境。耿军的军饷匮乏，士气低落，加之在占领区的暴行，导致民心丧失，为清军提供了各个击破的机会。
康熙十五年（1676年）八月，清军取得了显着进展。在康亲王杰书的指挥下，清军首先攻克了江山，随后突破了仙霞关，进入福建境内，先后占领了浦城和建宁。紧接着，清军攻占了延平，并逼近水口。这一连串的胜利极大地削弱了耿精忠的力量。
面对清军的步步紧逼，朝廷再次采取了劝降的策略。同年十月，朝廷命令康亲王杰书按照诏书的要求招降耿精忠。随着清军大军压境，耿精忠意识到自己的势力已无法抵挡，于是决定投降。
在投降前夕，耿精忠献出了自己的“总统将军印”，以示诚意。为了避免清廷追究责任，他还杀害了被拘禁的福建总督范承谟，意图销毁证据。然而，耿精忠的亲信徐文焕已经暗中投靠了清军，并掌握了重兵。徐文焕阻止了耿精忠率水师外逃的企图，确保了清军能够顺利接收福州。
1676年十月，清军抵达洪塘，进入福州城。面对无可挽回的局面，耿精忠无奈之下只能选择投降。他袒身露体，率领文武官员出城迎接清军，并请求保留靖南王的爵位。为了获得清廷的宽恕，耿精忠承诺帮助清军剿灭郑经的军队，以此赎罪。康熙帝同意了耿精忠的请求，允许他继续保有靖南王的称号，并命其率领军队参与平定郑经的行动。
随后，耿精忠确实履行了自己的承诺，率领军队与郑军交战，并取得了一定的胜利。接着，他又领军进入潮州，击败了尚之信的军队。基于耿精忠在这段时间的表现，康熙帝命令他驻守潮州，以监视并防止郑经势力的进一步扩张。