顺治三年（1646年），隆武帝下诏亲征，郝摇旗响应号召，率领本部兵马从长沙出发，准备支援隆武帝。但由于隆武帝已在汀州被清军俘杀，郝摇旗未能及时抵达。南明永历帝继位后，郝摇旗被封为南安伯。
顺治四年（1647年），清军占领湖南后，郝摇旗率部撤退至广西桂林。在全州之战中，郝摇旗亲自率领部队从小路发动攻击，成功击败清军，迫使清军统帅耿仲明仅以身免，这场胜利被赞誉为“真中兴战功第一”。郝摇旗因此被晋升为南安侯。
然而，郝摇旗与南明地方官员的关系并不融洽。由于军饷短缺，郝摇旗采取了一些激进的措施来筹集军费，这导致了与南明地方政权的矛盾加剧。
顺治五年（1648年），清军再次进攻广西，郝摇旗派出精锐骑兵增援，但在兴安被清军包围，全军覆没。随后，郝摇旗在灵川再次被清军击败，对南明产生了怨恨。在撤退至桂林后，郝摇旗拒绝与南明将领留守桂林，并在撤退途中纵容部下掠夺财物。永历帝不愿接受郝摇旗的“护驾”，在脱离危险后离开了郝摇旗的部队，前往南宁。此后，郝摇旗部在广西、湖南、贵州三省交界地带继续活动，并与南明军队发生了多次摩擦。
三、立足夔东
顺治六年（1649年），随着何腾蛟在湘潭被清军俘获并处死，郝摇旗对南明永历小朝廷彻底失去了信心。他不再接受永历朝廷的调度，而是选择独自活动于贵州东南部的黎平府。面对清军的进攻，郝摇旗率军仓促应战，结果大败，被迫退往广西庆远，在广西与贵州交界地区活动。
不久之后，郝摇旗得知刘体纯等大顺军余部已经在湖广西山一带定居，于是他也前往湖广，与这些残部重新建立了联系，并在房县羊角寨建立了自己的根据地。当时，大顺军余部使用永历年号，并借故明封号以稳定民心，郝摇旗则在军中拥立明韩王朱本铉，同时与夔东一带的南明军保持合作。
顺治七年（1651年）十二月，郝摇旗被南明朝廷封为益国公。然而，顺治九年（1652年），当大西军领袖孙可望派人与大顺军余部联络时，郝摇旗并未像其他将领那样与孙可望修好，而是继续坚持奉韩王为主。他在西山十三家中实力最强，对外与清军作战也最为频繁。