同年十二月，发生了一件震动朝野的重大事件。御史陈紫芝向康熙帝上书，弹劾湖广巡抚张汧贪污腐败的行为。张汧是一位由当时的权臣大学士明珠所举荐的官员，因此，当被派去调查此案的钦差大臣色楞额在奏报中试图庇护张汧时，引起了朝野上下广泛的不满。色楞额的奏报中故意避重就轻，企图保护张汧免受牵连。
面对这种情况，康熙帝决定派遣于成龙、马齐与副都御史开音布三人共同前往湖广调查此事。这次调查对于揭露腐败行为至关重要，因为张汧的案件背后涉及到了权臣明珠的利益。经过详细的调查，于成龙和马齐等人发现张汧确实存在严重的贪污行为，包括勒索属员、科派盐商等；同时，祖泽深也被查出有 婪 取 民财的行为；而之前被派去调查此案的色楞额则被证实存在徇私舞弊的情况。
这一案件的成功审理不仅彰显了马齐的刚直不阿和清廉无私，而且也为康熙帝在次年二月罢黜权臣明珠提供了有力的支持。马齐在审理此案过程中的表现赢得了康熙帝的高度赞赏，并且被认为是他政治生涯中的一个重要转折点。同年三月，马齐被提升为左都御史，这是一个非常重要的官职，负责监察百官，确保国家的法律和政策得到公正执行。
三、辉煌时期
从康熙二十七年（1688年）开始，富察·马齐的仕途迎来了辉煌时期。这一年，他被提升为左都御史，并在参与中俄边界谈判的过程中发挥了重要作用。他建议在档案记录中使用汉字，并有汉族官员参与，这反映了他对于维护国家利益的深刻理解。
康熙二十八年（1689年），马齐再次提出类似建议，要求在理藩院的事务中同时使用满洲、蒙古和汉文注册，以确保记录的完整性和长久保存。这些提议不仅体现了他对多民族国家治理的理解，也为清朝的多民族文化融合做出了贡献。
在康熙二十九年（1690年），马齐担任左都御史的同时，与理藩院尚书阿喇尼一起成为议政大臣，这是清朝历史上前所未有的情况，显示了他在政治决策中的重要地位。同年十一月，他暂时兼任兵部尚书，并不久后兼任理藩院尚书，这标志着他在清朝政治体系中的地位进一步上升。