赵良栋入京朝觐时，向康熙皇帝提出了一个重要的策略：诛除首恶，宽宥胁从。他认为只有这样才能够有效平息兵变，同时也能最大限度地减少不必要的伤亡。这一策略得到了康熙皇帝的支持与认可。随后，赵良栋将自己的妻子留在京师，亲自率领一百名精兵急赴宁夏，并沿途宣读皇帝的诏谕，以此来安抚士兵的情绪，稳定军心。
到达宁夏后，赵良栋开始着手调查兵变的真相。他很快查明了兵变的首恶是把总刘德、参将熊虎、以及营兵阎国贤和陈进忠。为了分散他们的党羽，赵良栋巧妙地让他们外出防守。在确定了他们的罪行之后，赵良栋按照法律程序对他们进行了审讯，并请求康熙皇帝批准将他们处决。在得到批准后，赵良栋迅速执行了判决，有效地清除了叛乱的核心力量。
与此同时，大将军图海正在平凉督军，指挥赵良栋与平凉提督王进宝等人共同征讨陕西提督王辅臣。赵良栋在这一过程中发挥了关键作用，他先后平定了秦州（今甘肃天水）、西和、礼县等地，有力地支持了清廷对叛军的镇压。
三、夺取四川
1679年（康熙十八年），赵良栋向康熙帝上书，表达了他愿意率领宁夏军队夺取汉中、兴安并进而规复四川的决心。他认为经过三年的训练，宁夏军队已逐渐变得纪律严明，士气高涨，渴望建立功勋。考虑到自己的年龄渐长，赵良栋希望能够抓住机会，不负皇恩。康熙帝对赵良栋的忠诚和决心表示赞赏，并予以批准。
同年八月，大将军图海制定了“四路进取汉中、兴安”的战略。根据这一计划，图海亲自率领将军佛尼埒进攻兴安；而赵良栋则被委以重任，率军进攻徽县。此外，毕力克图负责进攻略阳，王进宝则负责进攻栈道。这一系列的军事部署意在快速推进并控制四川的门户。
在接下来的几个月里，赵良栋率领军队迅速行动，先是攻克了密树关，并分兵袭击黄渚关，大败叛军，成功夺取了徽县。紧接着，他又占领了略阳，击退了叛将吴之茂。这些胜利为后续的军事行动奠定了坚实的基础。
到了十一月，赵良栋继续前进，夺取了阳平关，并攻打沔县。在此过程中，他与王进宝的部队在宁羌会师，被封为勇略将军，但仍兼任宁夏提督。赵良栋的这一系列胜利显示了他的军事才能和领导能力。