三、南征云南
顺治十五年（1658年），随着清军在南方战场的不断推进，云南成为了下一个目标。年底，吴三桂率领的清军主力攻入云南，尚善则跟随信郡王多尼一同进入云南。此时，南明永历帝朱由榔已经逃至永昌（今云南省西部）。
在这一年的战斗中，尚善与征南将军卓布泰合作，率军向镇南进发，在玉龙关击败了白文选所部，随后渡过了澜沧江，攻占了永昌。永历帝朱由榔被迫继续逃亡。取得永昌之后，尚善率军乘胜追击，攻取了腾越，随后继续前进至南甸，到达孟村后撤军返回。
顺治十六年（1659年）正月，清军终于攻克了昆明，彻底占据了云南全境。在随后的二月，吴三桂与赵布泰、尚善等将领率领的清军与李定国的部队在滇西的磨盘山展开了一场激烈的血战。尽管清军在这次战斗中损失惨重，但他们最终还是巩固了对云南的控制。
回到北京后，根据尚善在云南战役中的表现和功绩，清廷赐予他蟒袍一件、玲珑刀一把、鞍马一副，以表彰他的英勇和贡献。
然而，顺治十七年（1660年），清廷对尚善进行了追责。原因是他在云南作战期间撤去了永昌的守军，导致了一些军士进城后伤害了当地百姓。这一行为被清廷认为是不当的，因此尚善被降为固山贝子。
四、征讨三藩
康熙十一年（1672年），尚善再次被封为多罗贝勒，这标志着他在清朝政坛上的地位得到恢复。随后的一年里，即康熙十二年（1673年），尚善出任右宗正，但由于身体原因不久后卸任了这一职务。
真正的考验出现在康熙十三年（1674年），当时平西王吴三桂在云南起兵叛乱，威胁到了清朝在南方的统治。吴三桂的军队迅速向北推进，攻占了澧州、岳州等地。面对这一危机，清廷迅速做出反应。正月，任命顺承郡王勒尔锦为宁南靖寇大将军，负责指挥荆州的军事行动；六月，尚善被任命为安远靖寇大将军，率领大军前往岳州，准备抵御叛军的进攻。