明军乘胜追击，相继攻克靖州、武冈州。沈永忠见形势危急，求援无望，被迫带着部下从宝庆向北撤退。到了六月二日，沈永忠撤退至省会长沙，但仍无法站稳脚跟。在湘潭接到清廷“不可浪战，移师保守”的密旨后，沈永忠于八月初六日放弃了长沙，一路逃至岳州。随着沈永忠的撤退，清朝在湖南设置的许多地方官员也纷纷北逃。此时，除了岳州、常德仍在清军控制之下外，只剩下徐勇一镇孤零零地据守辰州。
三、孙李矛盾
孙可望与李定国之间的矛盾源于两人对于战略方向的不同看法。1647年（永历元年、顺治四年）二月，在贵阳附近的定番会议上，大西军的领导人讨论了未来的战略方针。孙可望主张部队应该开往广西，继续与明军作战，必要时可以撤退至南海。相反，李定国则坚持认为应当西进云南，建立稳固的根据地，并与南明政权联合起来抵抗清军。
李定国在会议上发表了一段激昂的演讲，强调当前的首要任务是联明抗清，而不是继续与明军相互消耗。他认为，大西军与清军之间有着不共戴天之仇，与明军的冲突只会让清军坐收渔翁之利。李定国的观点赢得了大多数将领的支持。然而，孙可望对联明抗清失去了信心，更倾向于保住现有的领土，建立一个独立的政权。
在会议中，李定国甚至表示，如果孙可望坚持要亡命南海，那么他宁愿当场自刎也不愿走这条死路。此言一出，震惊了在场的所有人，众将领连忙阻止了李定国，并一致支持他的主张。看到如此情况，孙可望不得不妥协，同意了李定国的建议，即西进云南并与南明联合抗清。尽管如此，孙可望对李定国的影响力产生了疑虑，这也为两人之间的矛盾埋下了伏笔。
尽管确立了联明抗清的战略方针，但直到1649年（永历三年、顺治六年），孙可望才开始与永历朝廷进行谈判。在这过程中，孙可望的策略与李定国的初衷有所差异。孙可望并不真心愿意联明，而是想要模仿曹操“挟天子以令诸侯”的做法，以此来控制其他将领，尤其是李定国和刘文秀。
随着时间的推移，孙可望对李定国实力的增长越来越感到不安。李定国不仅在军中享有很高的威望，而且能够有效地团结士卒，其部下都愿意为其效力。此外，李定国性格直率且强悍，与孙可望在战略问题上发生分歧时，总是敢于直言不讳地表达自己的观点。这种性格上的差异和战略上的分歧，再加上孙可望对李定国日益增长的影响力的担忧，最终导致了两人之间的矛盾不断升级，为大西军内部的分裂埋下了种子。